食用菌由于生產投入少，經濟效益高，近年來在農村興起了食用菌生產熱潮。生產中食用菌菌絲繁殖快，容易老化，菌種保藏更難。下面介紹七種簡單易行的菌種保藏方法供廣大農戶參考：
蒸餾水法
1、保藏平菇、金針菇菌種先將八成熟待保藏試管菌種移入接種箱內滅菌后，用注射器從試管栓內注入蒸餾水，將培養基面全部淹沒至管口2厘米為止。管口用礦蠟封閉，常溫下置于陰涼處立放可以保藏1～1.5年。
2、保藏香菇、木耳菌種，用150×15毫米的指型管將培養至7成熟的固體或半固體試管種在接種箱內無菌操作下，放人25×200毫米的大試管內，向大試管內注入蒸餾水至管口1厘米處，封口用橡皮栓包好，并用礦蠟加固密封，置于陰涼處。木耳可保藏7～8個月，香菇可保藏9～12個月。
此法在自然溫度下也可以保藏其他菌種。
尿素暫存法
在避光、干燥通風良好的地方放置袋裝尿素，將試管菌種主體埋在尿素顆粒中，試管口露在外面，可保藏菌種活力30天之多。此法在恒定低溫環境下即可進行。
液體石蠟保藏法
選用化學液體石蠟，高壓滅菌后放入40℃恒溫箱中數小時或干燥器中數日，用無菌吸管或注射器吸取液體石蠟注入菌種試管。注入量應高出斜面尖端1厘米左右，管口塞上棉塞并用石蠟封好。直立保藏在清潔、干燥、涼爽的低溫處可以保藏5年。
麩皮保藏法
取一定麩皮加水或營養液后拌勻即可備用。將水麩皮裝入試管經高壓滅菌后拌入菌種，放在適溫下培養，待菌絲體發育好后將試管放入室溫下進行干燥。然后在20℃以下干燥處保藏，可保藏3～5年。
生理鹽水保藏法
將菌種接入馬鈴薯培養液中，每250毫升三角瓶裝60毫升養液，振動培養液或每天搖動5～10次，培養5～7天，然后將形成的菌絲球吸入裝有5毫升無菌生理鹽水的試管中，每管約移入4～5個菌絲球，塞上棉塞，用蠟封好管口。低溫可保藏1年。
麥粒保藏法
取優質小麥淘洗后浸入20℃水中泡5小時，稍晾干后裝管。裝入量以管長的l/4到1/3為宜。將裝有麥粒的試管滅菌后趁熱搖散，冷卻后接入菌絲體，在適溫下培養至大多數麥粒上出現稀疏菌絲時，終止培養。菌種可置于20℃以下干燥處保藏1～2年。
冰箱保藏法
已經長好的試管菌種放于冰箱內，置于保鮮層能保存7個月。菌種不退化。
