雙孢菇在栽培過程中常常出現薄皮菇或空心菇，對產量和品質有較大的影響。在雙孢菇生產中可采取以下措施進行防治：
薄皮菇的形成主要是因為溫度偏高，子實體生長速度快，加上密度大，營養供應不上所致。產生薄皮菇也與品種的特性有關。貼生型品種大多數出菇密，容易產生薄皮菇，產量低，質量差。氣生型品種的培養料和覆土層過薄，再加上噴水少而輕，造成營養和水分供應不足，也會產生薄皮菇。覆土后的調水期間，由于噴水輕，噴水次數多，調水快，菇房通風少，菇房內空氣濕度大，菌生長的部位過高，子實體長在細土表層，根基淺，也易產生薄皮菇。對土層調水期間應適當通風，使出菇部位處在粗土層與細土層之間，就可減少薄皮菇。
出菇期間菇房空氣濕度過小，菇體水分蒸發快，再加上土面噴水少，土層過干，迅速生長的子實體得不到水分的補充，就會在菇柄產生白色疏松的髓部，甚至在菇柄中產生空心菇。在盛產期及時噴水，并適當進行間歇噴水，不使土層過干，就能使快速生長的子實體得到充足水分，可較好地預防空心菇的產生。
