選擇優良菌種：生產中要選擇純度高、菌齡適當、生命力旺盛、無雜菌污染的菌種。
配制適宜的培養料：由于大多數食用菌喜歡偏酸性環境，所以將培養料的PH值適當調低，可抑制雜菌繁殖。在麥麩、米糠等含有淀粉和可溶性糖的培養基之中，雜菌很容易生存。
改進接種方法：用生料栽培食用菌時，增加5%~10%的接種量，并將菌種的2/3接種于覆蓋料面和四周，有利于菌絲盡快占領培養基表層，提高抗雜菌能力。
創造適宜的環境條件：食用菌栽培過程中，可根據大多數菌種（除草菇）都要求較低溫度，而雜菌多數喜高溫的特性，采用適當的降溫培養方法。
