二次發酵分為前發酵即建堆發酵，和后發酵即加濕發酵這二次的發酵。
1、前發酵的技術和方法（時間在國慶前后為佳）。
前發酵在室外建堆發酵，先把牛糞、稻草用水預濕后即可建堆，一百平方米應建寬2.3－2.5米，高1.6米，長10米的堆。建堆時先鋪一層寬為2.3－2.5米，高為15－20厘米左右的稻草（長度以要種植的平方數而定，即100平方米為10米長）然后鋪一層3公分厚的牛糞，其上又鋪一層稻草，草上又鋪一層牛糞，這樣循環堆疊上去至高為1.6米為宜，堆頂頂成弓形，堆第二層稻草時要開始噴灌水，噴灌水應做到越底層噴越少，越上層噴灌越多，至四周有水溢出為宜。堆料完第三、四天堆溫會上升到70℃，第五天開始翻第一次堆，第11天翻第二次堆，第15天翻第三次堆。
翻堆：翻堆時堆寬比原堆寬縮小20公分，要求把料充分抖松，把上翻下，外翻內。翻第一次堆要灌足水分（底層四周有水溢出）并一層層撒上化肥（碳酸氫銨、過磷酸鈣、花生餅粉）。第二次翻堆要一層層加上石膏粉。
2、后發酵。后發酵的有兩種一是菇棚菇房中固定床架式的后發酵。二是露天式的后發酵。
固定式的后發酵的操作方法，把完成前發酵的培養料（第三次翻堆后第三天）迅速搬到固定的床架上抖松鋪平，一般為20公分高。鋪完把全部門窗密封。然后則可加溫發酵，要放100℃溫度計一支。
露天式的后發酵方法如下：用竹木磚石墊底制成2米－1.6米寬，床底高地面20公分高的透氣床，要留二條20公分寬的進氣小通道在床底和地面之間。然后把前發酵要翻第三次堆的培養料翻到透氣床上，方法和翻第三次堆一樣，在堆中央每距1.5米處立一根竹桿。翻完堆把竹桿撥掉作為排氣孔。堆高為1.1米，長不限（一般和原堆長度相同），翻到最后一層使其成略弓形。第三天蓋上一層稻草（蓋在堆上層），并用竹片拱成弓形，橫蓋在堆上距0.7米。一弓上面和四周用塑料薄膜土壤密上邊用繩子捆緊，不要讓薄膜加蒸氣后飛掉，地面用細沙或細土把塑料薄膜壓緊。這樣就可以開始放蒸氣加溫。（要放100℃溫度計1支觀溫）。
加溫：用焊有進水管和排氣管的五十加大鐵桶裝水橫放作鍋。在桶底下燒火（燒煤或木柴）排氣管上接上耐高溫的塑料蒸氣管，蒸氣管的另一端伸進菇棚（房）的通道或露天式的透氣床下的進氣小通道。當鐵桶內水沸滕時蒸氣就大量地輸入菇棚中，棚中的培養料的溫度就逐漸升高。當溫度達到60℃時，保持8小時，然后排氣降溫到50－52℃保持60小時。排氣時要注意聞所排出的氣體的味道，若有氨氣或其它臭味，排氣時間要拉長，直至排出氣體無味為止。
后發酵的優點是把菇棚（房）、菇床架、培養料進行一次滅菌消毒和殺蟲工作，培養更多對蘑菇生長有利的放線菌，腐殖霉菌和纖維分解菌。為蘑菇生產創造一個無雜菌無蟲害的良好環境，為蘑菇生長發育創造條件，為蘑菇高產奠定良好的基礎。
