蘑菇生長需要較多的養分，如果營養一時供應不上，子實體就生長不良，特別是在后期，還會出現早衰現象。特別是在培養料質量差、糞少草多、料層又薄的情況下，將會明顯影響產量和質量。因此，在蘑菇種植生長后期，適時適量進行追肥，是有利于提高產量和質量的。
但蘑菇追肥只能起一種輔助作用，必須注意效果，防止因追肥不當引起雜菌滋生。另外，還需掌握追肥的濃度和用量，濃度過大或用量過多對蘑菇生長都不利。
追肥一般多在第三批菇采收以后進行，直至下一批菇的子實體長到黃豆大小時為止。此后，到采收前一般少追肥或不追肥。蘑菇追肥時，注意以下五個方面：
一、用量合理。掌握“少吃多餐”的原則，否則，妨礙菌絲體的正常生長。
二、時間適當。追肥的目的，是為菌絲體的繁育和子實體的成熟提供養分。因此時間上可在采2～3批菇后進行。
三、選擇肥質。最好選用多種肥料輪流追施，特別對某些養分較單一的無機肥料進行輪流追肥，尤為必要。
四、杜絕病源。液肥中不得含有蟲卵和病菌。所用的廄肥或糞尿，要經過發酵或腐熟、燒煮消毒，避免雜菌滋生，招致病蟲害。
五、肥管配合。追肥需其他栽培措施相配合，尤其不可忽視提高培養料的質量。蘑菇只有在配制良好的培養料的基礎上適當追肥，才能獲得更好的收成。
在蘑菇生產過程中，一般經過三次收獲后培養料養分減少，酸度上升，菌絲生命力變弱，產量質量下降。要實現蘑菇的優質高產，就必須進行補施肥料。具體辦法有如下幾種：
1.取腐熟的豬、牛尿煮沸20分鐘，過濾后對10倍～20倍清水噴灑，噴后再用清水噴1次。
2.取腐熟曬干的料草，加100倍清水熬成液汁，待冷后噴灑，可使蘑菇健壯。
3.在蘑菇產量急劇下降時，清理床面，剔除老根和死菇后，將新鮮干豬糞、牛糞粉碎，用清石灰水浸濕漚制15天，再加入占糞肥重量三分之一的肥泥和少量草木灰拌勻，將其撒于床面，繼續照常管理。
4.取草木灰2.5公斤，加水50公斤浸泡，取濾液噴灑，可壯菇，并可預防蘑菇發紅。
5.取葡萄糖0.5公斤，加水50公斤，溶化后噴灑，可使蘑菇肉厚柄粗。如無葡萄糖可用白糖代替。
6.取食鹽250克，加水50公斤，在出菇高峰期噴灑，可使菇體潔白壯實。
7.取石灰0.5公斤，加水50公斤攪拌靜置后，取澄清液噴灑，噴后再用清水噴1次。每隔6天～7天重復1次，可調節培養料和泥土酸堿度，促進蘑菇的正常生長。
