有的晚生品種最好進行困菌，就是讓長滿菌絲的菌袋，在培養架上放一段時間，使菌絲進一步強壯，是高產措施之一，困菌的時間就是有效積溫，即日平均溫度的累積溫度，其有效積溫400℃～500℃。如果困菌室日平均溫度20℃時需要困菌20～25天。
劃口催耳
4月中下旬，在困菌的基礎上就可以進行劃口、催耳。如果培養室不清潔，最好把菌袋用清水沖洗干凈，晾干后進行劃口。劃口的方法是：菌袋倒置，在菌袋豎向呈品字形劃“V”字形小口，口的角度為45度，角的斜長2厘米，劃口的深度為0.30～0.5厘米，口的數量為9～12個。也有劃豎口的，效果也可以。但底部不要劃口。
催耳必須在有一定濕度(80～90%)房間、大棚、溫室、野外畦子上進行，并給一定的溫差刺激。根據幾年的試驗，在野外畦子上催耳效果比較理想。做床根據地勢情況，澇地做高床，旱地做洼床，床寬1.5米，長不限。做床后先在床面進行白灰等清毒處理，然后把劃好口的菌袋隔距3 5厘米倒立擺放。菌袋上部蓋塑料薄膜，膜上蓋草簾或遮光網遮陰。過48小時后，每天早晚要掀開塑料膜透風換氣，隨時蓋好。雨天要防止雨水滲漏，經常檢查塑料膜內側是否有水珠，沒有水珠，說明空氣相對濕度太低，要往地面灌水，保持床面濕潤。大約7～14天劃口處形成耳基。
散床噴水
待耳芽出齊時，空氣的濕度應加大，對氧氣的需要地增加，這時要把草簾下面的塑料薄膜撤掉，直接往草簾上噴水，井水最好。等耳芽長到2厘米左右時，便可散床，床面寬為2米，過道30厘米。床面進行消毒后，要鋪絲袋子或稻草(也有鋪塑料薄膜的膜要扎眼)，防止濺泥土，工作時不要碰掉耳芽，把菌袋呈品字形擺放，間距12～15厘米，每平方米大約擺放20袋左右。這時期可遮光管理一段時間，后期撤掉遮光物，也可露天管理。初期澆水要少噴勤噴，(最好選用微噴管噴水)。露天管理的要在早9時至午后4時這段時間不噴水，避開中午溫度過高時間，陰天隨時澆水都可以，如遇到連雨天，有的木耳自己會脫落。主要是雨水大，耳片朵根部分膨漲而造成，只要有一點連接的就不用往下摘，還可以繼續生長。
采收
當耳片邊緣明顯變薄，耳根發紅時，應及時采收，采大留小，可用刀割也可用手掰，總之一定要把鋸末子修理干凈，朵要撕開，耳片朝上擺放，不要翻動。八分干時可以隨意翻動。晾曬時要用紗窗釘的篩子曬。當頭茬耳子全部采完時，不要扔掉，讓其日曬風干，等雨天自然出耳，比種白菜收入高。
