食用菌病害的發生甚至流行都有其規律，表面上看，病害僅在某一生產環節出現，但是病害的發生是需要相當多的條件的。因此，防病應從源頭抓起，至生產完全結束為止，中間環節亦不能稍有放松，以徹底杜絕病害發生。
選用優良脫毒菌種 選用優良脫毒菌種是保證菌種不帶任何病毒或病菌、確保菌絲健壯、提高菌絲抗性的有效措施。脫毒菌種自身不攜帶任何病毒或病菌，且由于在脫毒過程中人為調控基質及溫度，又使其大大提高了對外界條件的適應性及抗逆性。
消毒處理要嚴格 嚴格菇棚及栽培環境中的消毒處理是消滅殘存病毒、病菌的主要手段。首先，菇棚周邊糞堆、草堆、垃圾等應清理干凈，將雜草一并清除。多次噴灑500倍的多菌靈等殺菌藥物。其次，對老菇棚應刮除墻皮，有條件時可將地表鏟除1厘米左右厚，用50倍的蘑菇祛病王溶液對棚內進行地毯式噴灑，墻體、邊角、立柱、通風孔等也應噴灑藥物，不留死角。該項措施能夠較徹底殺滅棚內病菌。也可使用10倍的強優戊二醛溶液、200倍的金星消毒液消毒。用多菌靈、甲醛配制多甲溶液噴灑殺菌的效果亦很好，一般多菌靈、甲醛、水按1∶2∶100的比例配制，如果上季栽培時病害較重，可適當提高濃度。再次，對原發病害嚴重的菇棚，可拆除上層架桿、棚膜等物，棚內堆積秸稈雜草，點燃焚燒，將草木灰翻入土層中，重新架桿覆膜，再施藥物噴灑，效果很好。具體操作時應選擇無風天氣，并備有適當的滅火器材。
對覆土材料進行有效處理 對覆土材料進行有效處理是防止帶菌進棚的重要環節。選擇覆土材料后，在硬化地面進行暴曬，隨時翻動，使土粒直徑保持在0.5厘米以下，用100倍的蘑菇祛病王溶液邊噴邊拌，噴拌2次，建棚后覆膜進行堆悶效果極好。
基料處理要嚴格 這是確保不帶菌進棚的關鍵環節。該階段包括干料的處理、堆酵處理和裝袋播種的規范化熟料接種以及培養發菌等環境的清潔殺菌。完成發菌后，菌袋進棚前，應配制200倍的蘑菇祛病王溶液，盛于大盆等容器，將菌袋浸洗一遍后再進棚。
經常噴灑殺菌抑菌藥物 經常噴灑殺菌抑菌藥物是出菇管理過程中主要的預防手段。自菌袋進棚或基料進棚播種后，即應經常噴施藥物，以達預防病害之目的。
及早防治 對初發病害，應徹底處理。對菌袋立體栽培的，連同發病菌袋清理出棚，浸藥后深埋處理。數量較大時，可噴藥后進行堆悶，也可撒拌石灰粉后進行堆悶。方法是，建堆后用稀泥將土堆封堆，令其自然發酵，產熱殺死病菌。對覆土栽培的，應擴大病區范圍連同基料一控到底，清理出棚。
滅蟲防病 這是防治病害的重要措施之一。大多害蟲往往攜帶大量病菌，一旦進棚，即成為病源，到處傳播，很快蔓延，因此在防治病害的時候，不可忽視對害蟲的控制和殺滅。主要措施：清理外部環境，噴施高效低毒藥物控制蟲源；菇棚門口撒施2米以上長的石灰過道，以防爬蟲類害蟲進入；通風口、門口封掛防蟲網，以防飛蟲類進入。發現害蟲后，采取毒餌誘殺方式，效果較好。對菇蚊蠅類，可在出菇間歇期噴灑滅害靈殺滅。也可配制糖醋液誘殺，白酒、糖、醋、水按1∶2∶3∶4的比例配好后，加3~4滴敵敵畏液盛于容器，成蟲趨味飛入，即可被殺死。
