定期對接種室、培養室進行甲醛熏蒸消毒。菇房的門窗、通風口要裝紗網，防止飛蟲出入。使用前應熏蒸消毒或噴灑藥物進行表面消毒、殺蟲。廢料及出菇后的殘料不要堆放在菇房附近。要清除菇場及其附近的枯枝爛葉、雜草及亂石堆。嚴格按要求對菌種培養基和栽培料進行滅菌處理，高溫滅菌要做到壓力到、溫度到、時間到，不能隨意改變滅菌條件。
栽培料的發酵處理有殺菌、殺蟲的作用，應注意控制堆溫和翻堆，保證所有的堆料都經過發酵過程。培養原料用前應曝曬，覆土用前要經消毒處理。嚴格菌種檢查，避免污染由菌種傳播。及時清除殘菇，保持料面潔凈。采摘子實體后應徹底清理床面，將菇根、爛菇、染害菇蕾除掉，必要時對床面進行消毒處理。利用病蟲害的發生條件和食用菌的生長發育條件范圍的差距，調節溫度、濕度、水分、光線、酸堿度、營養、空氣條件，抑制雜菌和病蟲危害，促使食用菌正常發育。
常見病害：細菌性病害子實體污染現象：菌蓋上的病斑呈圓形、橢圓形或不規則形。病斑外圈顏色較深，呈深褐色。潮濕時，中央灰白色，有乳白色粘液。菌桿、菌蓋全部變黑褐色，質軟，有粘液，最后整朵菇腐爛。子實體防治：出菇期間，菇房內溫度控制在15℃以下。避開春季高溫、高濕的影響。要及早治蟲。發病初期，用漂白粉或漂白粉精兌水噴霧，或用濃度為40－50mg/l的鏈霉素液噴霧，可抑制病原細菌的擴展。
菌種污染現象：菌種制作時，常發現以麥粒及糞草為基質的菌種瓶（袋）外壁局部出現“濕斑”。和淡黃色的粘液（菌落）。打開棉塞有一股難聞的氣味，類似有機物腐爛的腥臭味。這種現象大多是細菌污染。這些細菌多屬于芽孢桿菌類。菌種污染原因：細菌污染的主要原因是滅菌不徹底、放氣不足造成假壓，滅菌時間過短等，都能造成滅菌不徹底而引起細菌性污染。滅菌后冷卻速度過快，也會引起殘存抗熱性細菌的增殖而導致污染。
