據南京中醫藥大學莊毅教授介紹，我國已報道食用藥用真菌近1000種，有450余種真菌具有藥效，單被正式列入藥用的真菌有50多種，常用的有30多種，被明確納入藥典的有6種，分別為靈芝、云芝、茯苓、豬苓、雷丸和冬蟲夏草。茯苓更是其中應用最多的一味。
由于真菌為異養型生物，且甲殼質的細胞壁不同于植物細胞，同時真菌內的酶和DNA也不同于植物，在20世紀初，擁有幾十萬物種的真菌從植物界分離出來，另建系統為真菌界。那么，以往歸屬于植物藥內的“真菌類中藥”也就失去了作為植物藥的依據。在1998年，中國菌物學會藥用真菌專業委員會與中國藥學會藥用真菌專業組通過了協商，并征求了全國70多位菌物與藥物方面的高級專家得意見，最終聯名向國家相關部門建議在中藥范疇內正式冠名一類“菌物藥”，用于區分植物藥和動物藥。
菌物藥從何而來？
藥物真菌和真菌藥物是菌物藥的兩大分支。以真菌自身組織如子實體、菌核等入藥者稱藥用真菌。藥用真菌的來源靠野生采集或者人工培育生產，屬于農業型生產。藥用真菌大多屬于較高等的真菌，其藥用方式多種，單味應用或者配伍于復方湯劑、中成藥。
真菌藥物是指由固體發酵生產的真菌藥物，是中藥史上特有的、也是唯一的生物制藥工程產品。早期的制作可統稱為“制曲工藝”。神曲是中國最早的典型真菌藥物，始產于北魏。自唐代沿用至今已逾1500年。李時珍曰：“古人用曲，多是造酒之曲，后醫乃造神曲力更勝之。”20世紀60年代起，真菌藥物進入固體培養時期。如用甘蔗渣等培養的猴頭菌絲體培養物，再經成分提取制成猴頭菇片、胃樂寧等。20世紀80年代起，真菌藥物進入“固體發酵”時期。如將槐耳菌種接種在含一定水分的由農副產品（玉米芯、麥麩）組成并經過滅菌處理的瓶裝固態基料上，在一定溫度下槐耳菌攝取所需要的營養，將會生長大量含有活性成分的槐耳菌絲體。
隨著科學技術的進步，高新技術給菌物藥的研究和生產帶來了創新性和革命性的發展，提高了菌物藥的技術含量和品質。目前，高新技術在菌物的育種栽培及菌物藥提取上取得了一定的成就。菌種是菌物藥生產的關鍵因素，優良的菌種是保證產業穩步、健康發展的重要基礎。在育種栽培方面，通過原生質體融合技術、基因工程、生長模擬技術、虛擬栽培技術等手段選育和培育了高品質的菌物。在提取方面，藥用真菌由于其功效成分存在于真菌細胞內，需要通過一定的手段破壞其細胞壁，使其功效成分充分分散于提取體系。研究者通過酶解水浸提技術、超濾濃縮醇沉技術、半仿生提取技術、分子印跡技術等手段獲取了高質量、高活性的菌物藥。
