由于蘑菇的大規模人工種植，菜市或超市里陳列的蘑菇都琳瑯滿目。巧妙的挑選方法能使我們買到新鮮的、營養豐富的蘑菇。
新鮮好蘑菇的蓋和柄多呈白灰色，如果發黃，那不是老了，就是被污染了。菇蓋圓，蓋面光滑平展，邊緣肉厚，菇柄短粗的蘑菇為上品；菇蓋邊緣薄而有皺，菇柄長，下有白毛的蘑菇為下品。菇蓋的直徑越大，蘑菇就越老。
一般說來，新鮮菇類營養價值最高，干品的味道要差一些，但香菇例外。香菇的香味是在65℃下烘焙出來的，所以干品才是佳品。腌制和罐頭的蘑菇產品，無論營養或風味都較鮮蘑菇遜色。我們在精心挑選營養豐富蘑菇的同時，也要注意其食用期限。新鮮蘑菇的保質期只有3~4天，存放時間越長，水分流失越多，發干發硬；干蘑菇的貯存期長達數月，但要留意外包裝上標注的“最佳享用期”，同時存于避光通風處。
在超市中我們常見的用塑料盒子和保鮮膜封好的蘑菇也極易老化，因為任何塑料包裝對蘑菇都是一種軟傷，由于透氣性差，蘑菇會像人一樣“出汗”，一出汗就會加速腐敗變質。保存蘑菇的正確方法是買回家后用紙袋包裝，儲存于冰箱的沙拉層。
菜市和超市出售的新鮮蘑菇多為人工種植，可能有病蟲害，也可能用過農藥；野生蘑菇與大地親密接觸，免不了帶有很多污泥，入菜前都一定要沖洗干凈，控干水，或用專門的毛巾吸干。清洗蘑菇時切忌不能長時間浸泡，否則寶貴的汁液會被沖淡，失去蘑菇原汁原味的風味。
蘑菇是很省心的食材，不必剝皮，不必掐頭去尾，不必去莖干，只需用小刀修一下柄端部，削干凈即可。切蘑菇也可選擇很省心的方式，比如啟動食品加工機的切片功能，如同流水線作業似地切出片片蘑菇。
