近日，中國科學院微生物研究所趙瑞琳團隊在期刊Fungal Diversity上發表題名為“Phylogenomics, divergence times and notes of orders in Basidiomycota”的論文。團隊通過構建擔子菌門系統演化基因組圖譜，推斷各類群的演化時間等，澄清分類問題，更新了擔子菌門的分類系統。
擔子菌門（Basidiomycota）是真菌界中僅次于子囊菌門的第二大類群，物種超過4萬種，約占已知真菌總物種數的1/3；包含了絕大多數食藥用菌、毒蘑菇等大型真菌及銹菌、黑粉菌等重要的植物病原真菌，不僅具有重要的生態價值，而且和人類經濟活動關系緊密。
分類系統承載了生物多樣性信息，并且是相關信息存儲和快速提取的依托，在生物多樣性研究、保護和可持續利用中發揮關鍵性的基礎作用。針對擔子菌門的各級分類系統存在相互矛盾、部分名稱不合法、分類系統和系統發育關系不吻合等問題，趙瑞琳團隊長期致力于澄清擔子菌門內的演化關系（Zhao et al., 2017 in Fungal Diversity），并于2019年修訂了全世界最完整的擔子菌門分類系統（He et al., 2019 in Fungal Diversity）。
近期，該團隊針對擔子菌門近4年全球分類學研究進展，以488個物種的基因組數據為基礎，通過提取1 764個直系單拷貝同源基因構建擔子菌門系統演化基因組發育圖譜（圖1）并估算各個階元的演化時間范圍，更新擔子菌門分類系統至4亞門、20綱、77目、297科和2 134屬。同時編撰了擔子菌門目等級的分類詞典，澄清多個分類學問題，進一步穩定擔子菌門分類系統。相關研究成果在中國科學院微生物所國家微生物科學數據中心相關網站（https://nmdc.cn/macrofungi/）同步更新，為多領域提供完整準確的分類信息。
圖1 擔子菌門系統發育基因組圖譜
該項研究由25個國家的93名真菌學者共同完成，中國科學院微生物研究所賀茂強博士后、曹檳助理研究員和劉飛助理研究員為文章共同第一作者，趙瑞琳研究員為通信作者。該研究獲得國家重點研發計劃項目（2022YFD1200605）、國家自然科學基金（32100011, 31961143010, 31970010）等多個項目支持。
原文鏈接：https://doi.org/10.1007/s13225-024-00535-w
供稿：曹檳
