【作者】曹云張延召程抒劼沈文靜寧露徐海根
【機構】南京大學生命科學學院環境保護部南京環境科學研究所國家環境保護生物安全重點實驗室洛陽師范學院生命科學學院中國藥科大學工學院
摘要：本研究采用生物信息學方法統計分析了云芝基因組中SSR位點的數量、分布及頻率等信息,對云芝基因組中含SSR的基因進行了功能注釋,與其他5種傘菌綱真菌(雙孢蘑菇、黑管孔菌、紅緣擬層孔菌、金針菇和鮮紅密孔菌)基因組進行了比較。結果發現云芝基因組中共有1 224個SSR位點,相對豐度為27個/Mb,三核苷酸重復類型分布最頻繁。其中編碼基因序列中包含299個SSR,僅次于基因間區,但是在非編譯區、基因間區和內含子中SSR分布更加頻繁。通過與nr數據庫比對,485個含SSR的基因獲得注釋,其中115個基因通過GO注釋到分子功能、生物進程及細胞組分3類中,108個基因通過KEGG注釋到新陳代謝、遺傳信息處理、細胞過程和環境信息處理4類中。設計58對引物主要用于物種鑒定,另外23對引物主要用于活性物質代謝研究和輔助育種。與其他傘菌綱真菌相比,云芝所含SSR的數量及相對豐度較低,并證明SSR數量與基因組大小無關,而某些特定的重復類型與GC含量有關。本研究為云芝的種群遺傳學及進化研究奠定了理論基礎。
基金：國家自然科學基金(31500455)； 中國博士后面上基金(2015M571663)； 國家重點研發計劃(2016YFC1202103)； 環保部公益性行業科研專項(201409061)~~；
關鍵詞：微衛星; 簡單序列重復; 多孔菌目; 傘菌綱;