目前食用菌領域治療病害的藥很多，什么治療黃菇病的黃斑消、黃腐消等，治療綠霉病的綠霉凈、綠霉霸等。 在食用菌病害的治療中，往往是有這樣的情況，當發現菇得病以后，施了不少藥物，花了不少錢，用去不少時間，但菇的病情仍不見好轉，或是甚至日趨嚴重，最后造成經濟上的嚴重損失，原因何在？根據筆者的觀察分析，其原因是：
一、診斷不準確。在食用菌病害診斷時，往往由于工作上疏忽，或是知識的不足或是理論知識的貧乏，或是由于設備和條件的制約，未能準確地診斷出食用菌是何種病害，引致在食用菌病害治療中首先對病害的診斷不準確，因而，引致治療上的失敗。
二、用藥失誤。用藥失誤的情況比較常見，其表現有二個方面；１、選錯藥物。由于受藥物使用知識的局限，在作出正確診斷以后，未能選擇出高效、安全、低毒的藥物。甚至因用藥不當而引發別的病來。２、用藥方法錯誤。 按照常規用藥，應有一定的療程、次數和份量，要注意配伍合理科學。在實際治療中，往往亂投藥，或單純考慮成本的降低的想法，
所以用藥療程不足，往往是用藥１—２次未見轉好，就又換用其它藥，或是每天只用上用藥一次，導致藥物在機體內濃度的含量不高或不足以維持相應時間而不能把病源殺滅，有的甚至不考慮藥物的配伍禁忌，只是隨意相加，形成了藥效降低或根本就是失敗，或產生毒性。
三、病源的變異。有些食用菌病害，由于時間長了，用藥次數和品種多了致使病源對藥物產生了耐藥性。由于這樣，當重復使用相同的藥物或劑量時，則肯定效果不明顯。
四、多種感染。在實際生產中，往往是由一種以上病源在一批菌中同時致病，所以同時有多個疾病出現，當在診斷和治療中，若只注意一種病而忽視了其它病的診斷和治療，也會同時導致治療上的最終失敗。
五、忽略對環境的凈化。在食用菌病害的治療中，不少種菇戶只注意藥物的治療，但卻忽視了對環境凈化工作，諸如菇舍及菇舍四周的環境清潔衛生和消毒，因而導致菇體內的病原被殺滅了，但菇體外的病原依然存在，所以菇病往往“卷土重來”。
六、忽視食用菌菌絲及菇體的內在改善。一些種菇戶往往只重視如何使用藥物治療食用菌病害，忽視食用菌菌絲及菇體的內在改善。這也是往往久治不愈或導致失敗的原因。每當食用菌發病后，由于菌絲活性下降，子實體抗逆性差，營養吸取量不足或是藥物副作用的影響食用菌機體下降，致使抗病能力減弱，而延長了治療時間或是治療失效，所以，必要時應當重視食用菌菌絲及菇體的內在改善。
七、忽視種菇環境的改善。在許多種菇戶中，對食用菌生產環境如何卻不十分重視，往往表現出菇舍不單是不清潔衛生，且地面過于潮濕，空氣污濁，環境中雜菌基數過高導致食用菌各種病害發生。類似此況，若不改善生產環境，只憑藥物治療，其治療效果也不會明顯，或不能長久地維持。
八、某些廠家的誤導。目前，許多菌藥生產廠家，高為達到某種商業目的，在藥物包裝上多不標明藥物成份和含量，只說明用途和用法及用量，這往往導致種菇者在藥物選擇時會重復用藥。有的廠家為了牟取效益，在說明書和宣傳資料中嘩眾取寵，迎合一些種菇者心理，夸大和稀釋數量，甚至是制造假、偽、劣產品，使種菇戶用后收不到預期效果。