按照國家強制性標準《食用菌衛生標準》的規定，食用菌所涉及的指標包括感官指標和理化指標。感官指標是判定食用菌質量好壞的重要依據之一。正常食用菌應具有其固有的外形、色澤和香味，不得混有非食用菌，產品應無異味，無霉變，無蟲蛀。食用菌的理化指標包括砷、鉛、汞、六六六、滴滴涕含量等５項指標。
據有關專家介紹，鉛是一種有代表性的重金屬，是有蓄積性、多親和性的毒物，對人體各組織都有毒性作用，主要損害神經系統、造血系統、消化系統和腎臟，還損害人體的免疫系統，使人體抵抗力下降。汞的毒性與汞的存在形式有很大的關系。無機汞不容易吸收，毒性小，一般食品中的汞基本以無機汞形式存在，而有機汞特別是甲基汞容易吸收，因此毒性大。微量的汞在人體不致引起危害，可經尿、糞和汗液等途徑排出體外。人體攝入超過一定量的汞，尤其是甲基汞，在體內蓄積到一定量時，將損害人體健康。食品一旦被汞污染，難以徹底除凈，無論使用碾磨加工或用不同的烹調方法，如燒、炒、蒸或煮等都無濟于事。砷的化合物在自然環境中廣泛存在，對食品的污染常見有：含砷農藥的使用；食品加工時使用了一些含砷的化學物質作原料；工業“三廢”排放中常含有大量的砷，引起食品污染。食用菌中砷的污染主要來源于土壤和環境。此外， 六六六、滴滴涕屬有機氯農藥，上世紀７０年代許多國家相繼限用和禁用此種農藥，我國于１９８３年停止生產。由于六六六、滴滴涕農藥使用后在土壤中的殘留期很長，因此使用了該農藥的土壤幾十年后還存在殘留物。
中國加入世界貿易組織后，食用菌的價格呈下降趨勢，其最主要的原因就是國外相關指標很多，而我國的標準體系還不健全甚至落后。目前農業部已經就食用菌產地環境、投入品以及菇類生產技術規程頒布有關標準，努力從源頭上規范食用菌的生產。與此同時，農業部已指定上海農科院食用菌研究所盡快制定相關的新品種檢測標準，以保證食用菌新品種的食用安全。