生理性病害：
該類病害發生的主要原因是：菌種退化；菌種感染病毒病菌；栽培原料中含有有害物質；菇棚通風不良，二氧化碳濃度過高；溫度及水分管理不當等。 處理措施：屬菌種退化等原因時，該批栽培無法解決，下批需更換菌種。感染病毒病菌的，參看本節上述
（一）相關內容，不再贅述。 查基料中所有原輔材料及用水、工具等有否有害成分，比如噴霧器用于噴施殺菌劑等藥物后，未予清洗或沒有清洗干凈，很可能導致該類病害的發生，需對癥處理。 猴頭菇子實體呈現“禿頭”等，是溫度過低或幼菇時噴水使菇體長時間帶水所致。
根據猴頭菇的特性實施溫度管理，勿使過低；注意噴水時不使子實體上形成水滴，一般噴水后應強化通風，使菇體上的小水滴在1小時內蒸發掉。 “只長猴毛，不長猴頭”，是栽培場所二氧化碳濃度過高所致，可加強通風或強制通風，以降低二氧化碳濃度，并勿使忽高忽低，致子實體生長不勻。 “紅色猴頭菇”，是濕度偏大、子實體長期帶水等原因，尤其在10℃以下環境時，幼菇周身帶水時間超過2小時以上，即可發生變色。低溫條件下，適當降低空氣濕度，寧可降低濕度影響產菇量，也要產出高品質的菇品。
病蟲害防治要點：
（1）盡量不使用化學藥物，尤其不得對子實體用藥后再將菇品進行銷售。
（2）任何藥物都要符合相關規定，比如“綠色食品藥物規定”等。
（3）生產期間的自始至終不得使用多菌靈類藥物。
