脈孢霉能污染所有食用菌的菌種及培養料。最明顯的癥狀是在棉塞和菌種表面堆積大量分生孢子，呈現出橙紅色粉層，粉層厚度可達1cm左右，輕微的空氣震動都會使分生孢子隨氣流擴散，致使該批菌種報廢。在高溫、高濕的梅雨季節極易發生，棉塞受潮則更易感染。
菌種質劣菌種菌齡過長，菌絲生命力弱，易被脈孢霉污染。封口材料污染封口材料（如棉塞）受潮、過松或破漏，是造成此菌污染的主要原因之一。另外操作不當滅菌不徹底，接種及培養環境衛生條件差，接種用具不潔凈，工作人員無菌操作不嚴密等，會使脈孢霉感染的幾率大大增加。
綜合防治措施 要創造有利于食用菌、不利于病蟲害發生的環境條件，要把原料庫、拌料室等感染區與菌種室、接種室、培養室、出菇棚等易染區隔離；接種室、培養室要定期清掃，并用20%嘧菌酯懸浮劑或10%苯醚甲環唑水分散粒劑1000倍液與紫外燈配合，或用高效環境消毒器徹底消毒；培養料進房前，菇房、菇架要曝曬2～3天，并用石灰、甲醛等消毒；污染的菌種和病菇要帶出菇房燒毀或深埋；每一季栽培結束后，應徹底清理菇場。
嚴把菌種關選擇適宜當地環境、抗病能力強的品種。使用菌齡短、生活力強、無污染的優質母種和原種，有利于接種后盡快形成生長優勢，抵制脈孢霉的侵染。認真挑選栽培種，淘汰異常菌株，防止菌種帶菌。
栽培操作嚴格規范拌料時，應選擇無蟲、無霉變的新鮮培養料，可在拌料時加入培養料干質量0.1%的50%多菌靈可濕性粉劑0、1%的生石灰或0.2%高錳酸鉀混合液拌料，也可用0.1%的70%甲基硫菌靈可濕性粉劑拌料；適當加石灰用量（2%～4%），特別是在高溫季節進行生料栽培時；調節好培養料的碳氮比和pH值；調節好培養料的含水量，以用手攥料恰好指縫不出水為標準；裝袋時松緊度要適宜。
此外，培養料要隨拌隨用，以防酸敗。滅菌時要先排凈冷空氣，保證有足夠的滅菌壓力和時間，鍋內菌袋的擺放不可太過緊密，以免蒸汽不暢。接種、養菌等環節要嚴格實施無菌操作。避免封口材料受潮，謹防菌袋破損。接種時要選擇最佳播種期，適當增加播種量，以利于快速發菌，形成菌絲生長優勢。養菌及出菇時，控制好棚內溫濕度，注意通風和調節光照，保證有良好的環境條件。
化學防治使用化學農藥應遵循最低限度原則。如果發現有脈孢霉污染，應先將受污染的菌袋小心清理到室外深埋或燒毀，并在清理過程中避免脈孢霉孢子的飄散。同時用甲基硫菌靈、嘧菌酯對菇房徹消毒。
