裝料滅菌過程染菌
1.拌料時水分不均勻，有的地方偏于，有的則偏濕，這樣容易造成滅菌不徹底，導致菌筒成批染菌。
2.培養料偏濕，在夏季制作菌簡，溫度較高，如果培養料水分過多，就極易造成菌筒的染雜。
3.滅菌鍋內裝料過緊，鍋內氣體難以回旋，造成“死角”或溫度高低不等，滅菌不徹底。
4.裝料、滅菌不及時，使培養料過夜發酸?；驕缇鷷r燒火不旺，使鍋內溫度升至100C所需時間過長，導致培養料發酸，都有利于雜菌的侵染。
5.裝料過程中或滅菌前后的搬動，操作不小心而導致菌袋破損，從而導致染菌。
環境衛生
1.接種室、培養室與畜舍、倉庫等相毗鄰，或者接種室、培養室的周圍垃圾成堆，動物亂放，有的甚至把染雜和廢舊菌簡堆放在室外，未及時處理掉。這樣造成環境不潔、空氣中含大量雜菌孢子。故在制簡時稍不小心就可能引起染菌。
2.培養料帶菌：在培養料配制時，有些菇農把廢舊原料與新鮮原料混合重新利用，以及使用發霉的木屑、麩皮等。這種培養料內部含有大量的雜菌孢子。而常壓滅菌很難做到完全徹底。
接種過程染菌
1.接種室消毒不徹底，其原因主要是用藥量不足，其次是消毒時間不夠，以致未能全部殺死雜菌孢子。
2.沒有嚴格遵循無菌操作的規則，首先表現在接種工具帶菌，從而造成了染菌。其次因有些菇農為了趕速度，常直接用手抓菌種接種，有的則用手指把菌種壓入接種穴中。由于人手很難消毒徹底。故用手直接接種，極易染菌。
菌種質量差導致染菌。使用染雜的菌種及生活力弱或老化菌種，都極容易導致菌筒的染雜。
采菇時不小心而引起染菌。有時菇農在采菇時把部分菇柄遺留在菌筒上，采菇2一3天由于菇柄腐爛，從而引起的木霉感染。另外，采菇用力過猛把培養基一塊拔起造成了傷口，以后在該處易積水，而造成木霉的感染。
所以，采菇時要小心謹慎，不要把培養基帶起，造成傷口，引起感染。同時，要把菇柄采盡，切勿使菇柄遺留在菌筒，否則，菇柄腐爛也會導致木霉的感染。
注意環境衛生，必須認真做好接種室、培養室及裁培場所內外的消毒和清潔衛生工作，同時要求培養室與裁培場所必須通風透氣，使空氣中木霉孢子減少到最低限度，并盡量不要用松木板或腐爛的木材，毛竹作培養架和栽培場所作支架。
