液體菌種的培養方式主要有振蕩培養和發酵罐培養兩類。振蕩培養又稱為高效搖瓶培養，是利用機械振蕩，使培養液振動而達到通氣的目的，是將斜面試管菌種接種到培養液中，置搖床上振蕩培養。
高效搖瓶培養的工藝流程為：制備培養基一分裝一滅菌一冷卻一接種一搖床培養一一級液體菌種一二級液體菌種。經高效搖瓶培養的菌絲體一般呈球狀、絮狀等多種形態，培養液呈黏稠狀或清液狀，有或無清香味及其他異味。菌液中因有菌體發酵產生的次生代謝產物，可呈不同的顏色。
采用高效搖瓶培養液體菌種時，可以采用往復式搖床或者旋轉式搖床。往復式搖床的往復頻率一般在80～140r/min，沖程一般為5～14cm，在頻率過快、沖程過大或瓶內液體過多時，振蕩使液體容易濺到瓶口紗布上而造成污染。旋轉式搖床的偏心距一般為3～6cm，旋轉次數為60～300r/min，它的結構比較復雜，加工安裝要求比往復式搖床高，造價也較貴，但是氧的傳遞好、功率消耗低，培養基一般不會濺到棉塞上。因此，要根據實際需要選擇合適的搖床及振蕩速度。
以上是利用高效搖瓶進行食用菌液體菌種培養的要點，高效搖瓶除了用于食用菌液體菌種的培養外，還可用于全時懸浮細胞培養，培養基制備或儲存。
