金針菇叢枝病是一種非傳染性的生理病害，各地均有發生。當栽培菌袋或菌瓶由菌絲生長轉到子實體形成階段時，出現菇蕾叢生，只長菌柄不形成菌蓋，菌柄伸長到一定長度時，頂端產生分枝，小分枝生長一定時間后又產生分枝，小分枝越長越細弱并下垂，形成一叢似披發狀的菌叢，完全不像正常生長的子實體菌柄向上生長，頂端膨大后形成菌蓋。
由于二氧化碳濃度過高和濕度過大所引起。袋栽或瓶栽金針菇當菌絲生長到一定階段轉向子實體形成時，即原基出現后，應保持適當通風和給予一定的光線刺激，并降低菇房的溫度，這時期如果在瓶、袋口內外的二氧化碳氣體濃度積累過高，氧氣不足和缺乏弱光刺激，加上濕度過高，導致子實體畸形生長，只長菌柄不形成菌蓋，并在頂端不斷產生分枝。 防治方法：子實體原基出現后要注意適當通風和給予一定的光線刺激，防止菌袋菌瓶內外的二氧化碳氣體積累過多和濕度過大，為子實體形成提供適宜的環境條件。一旦發現菇蕾生長不正常、菌柄頂端產生分叉并下垂時，及時消除，重新創造有利于子實體形成的環境條件仍可正常出菇。
