一、菌絲徒長 在平菇生產中，常因菌絲徒長而造成菌絲密集成團，形成老菌皮不出菇的現象。其原因主要是菌種老化或在一級菌種轉管時用氣生菌絲進行轉接造成的。生產中如果菇房通氣不良，溫度過高，薄膜覆蓋時間過長也會造成菌絲徒長而不出菇。防治方法：加強制種管理，在子實體分化期，增加菇房通氣量，降低菇房溫度。栽培中出現老菌皮時，及時除去老菌皮，劃破菌塊、菌膜催菇。
二、菌絲退化、萎縮 在發菌或出菇階段菌絲變黃、變褐、萎縮死亡。這是因培養料碳氮比不適，或含水量過高，通氣不良，菇房悶熱等造成的。防治方法：調好培養料碳氮比，降低培養料含水量，適時播種，避免高溫危害。
三、子實體萎縮、死亡 這主要是在出菇期因環境條件不適造成的。如低溫型品種溫度超過23℃、中溫型品種超過28℃、空氣濕度低于80％，子實體因水分大量急劇蒸發而萎縮死亡；噴水過多，造成小菇水腫，出菇很密時，營養不足，小菇因饑餓而死亡等。防治方法：根據栽培季節，選擇適宜品種，避開高溫季節出菇；出現菇蕾后，將菇棚濕度提高到90％，隨著子實體長大加強通風。盡量避免直接往菇體上噴水。
四、畸形菇
（1）皺縮菇：菌蓋小，皺縮，菌柄長，質硬。是因溫度偏高和濕度過低引起。
（2）大腳菇：只長菌柄，不長菌蓋。是因通風不良，二氧化碳濃度過高引起。
（3）長柄菇。菌柄細長，菌蓋很小。原因是揭膜過晚，光照不足所致。
（4）菌蓋上長疙瘩：這種現象一般發生在冬季，因栽培室內生火增溫、二氧化碳積聚濃度過高，栽培袋靠近風口，冷風刺激引起菌蓋生長失控而起疙瘩。 防治方法：控制好菇房溫度，出菇期最好控制在15～28℃，遇到高溫時，要通過灑水和通風降溫，出菇階段，給予200勒克斯左右的散射光照，保持空氣濕度在90％左右，適量通風，控制二氧化碳濃度在0.1％以下。
