一、細菌性褐斑病 又稱細菌性斑點病、銹斑病。主要危害雙孢蘑菇和平菇。
1、病癥? 病菌只侵染子實體的表面組織，不危害菌肉。被感染后，菌蓋表面出現小的圓形或橢圓形褐色（鐵銹色）凹陷斑，在潮濕條件下，病斑表面有一薄層菌膿，發出臭味，當斑點干燥后，菌蓋開裂，形成不對稱的子實體。菌柄上偶爾也發生縱向凹陷斑塊，但菌褶很少被感染。病菇形態變化不大，也不會引起腐爛。
2、病因? 病原菌為托拉斯假單胞桿菌。此菌在自然界分布極廣，培養料、覆土材料以及不潔的水中均有，在15℃以上、空氣相對濕度大于85％時，病菌非?；钴S，通過人體、氣流、蟲類和工具等渠道廣泛傳播。常在春菇后期，逢高溫高濕、通風不良，特別是菌蓋表面有水膜時極易發生。
3、防治措施
⑴菇棚、床架、用具等要用2%的漂白粉徹底消毒，尤其原來發病較重的菇棚更應徹底消毒；同時，菇房應安裝紗門、紗窗防蟲。
⑵培養料和覆土材料應按要求進行發酵或消毒。
⑶使用清潔水源，噴水后加強通風，降溫降濕，避免菌蓋表面長時間存有水膜。
⑷發現病菇及時摘除，并在料面撒一層石灰粉，或用每毫升含100～200單位的農用鏈霉素或600倍的漂白粉液每兩天噴一次；發病較重時，先清理料面或覆土后再噴藥。 二、干腐病 干腐病又叫干僵病，主要危害雙孢蘑菇。
1、病癥? 發病的子實體畸形，菌柄基部稍膨大，菌蓋歪斜，呈蒼褐色，生長緩慢或停滯；病菇不腐爛，而是逐漸萎縮、干枯僵硬。
2、病因? 病原菌是一種假單胞桿菌。一般認為病原菌是沿著蘑菇菌絲傳播的，同時，土壤、氣流、水滴、人體、害蟲和工具都可傳播此病菌。干腐病多在秋菇上發生，在潮濕的菌塊上發生嚴重。
3、防治措施? 發病后采取隔離措施，防止病區與無病區之間菌絲的連接，病區內噴淋2%漂白粉液后用薄膜蓋嚴，防止傳播；其余可參照細菌性褐斑病的防治。
三、金針菇褐腐病
1、病癥? 子實體感病后，在菌蓋、菌柄上形成不定形的褐色斑點，然后腐爛。有時很多病斑連成片，包括菌柄均變為黑褐色，質軟，不能直立，有黏液，最后整叢菇變褐腐爛。
2、病因? 病原菌為歐文氏桿菌。金針菇不同品種間的抗病性差異較大，當溫度超過18℃，濕度較大，通風不良，特別是子實體表面處于水濕狀態時易發病，蔓延快。
3、防治措施? 選用抗病品種；其余可參照細菌性褐斑病的防治。
