羊肚菌種植過程中有一個問題是草比較茂盛，當草過多的時候，明顯影響羊肚菌的生長發育，如下面這樣的圖片，采摘羊肚菌也變成了找羊肚菌。產量可想而知。
茂盛青草的危害除羊肚菌生長的干濕環境無法控制外，還會因通風不良造成的羊肚菌菌柄較長，菇質下降。此外，大量的青草營造了濕潤的環境，青草內部藏匿著大量的蛞蝓或蝸牛，在不知不知覺中就啃食著羊肚菌，因此，雜草旺盛的地里往往不會有多高的產量。
除草最容易想到的辦法是除草劑，而除草劑和羊肚菌產量之間是否有害，是很多人都在關心的問題，這里根據生產經驗簡單說明一下：
首先，目前還未有關于除草劑濃度和除草劑噴施時間對羊肚菌發菌或產量以及菇子農藥殘留的研究數據，這里僅做一些建議性說明，
1. 出菇環節是禁止任何農藥噴施的，當然包括除草劑。農藥噴施到羊肚菌菇子上之后，很快會被菇子表面吸收，部分農藥會造成細胞損傷，引起菌菇畸形;重要的是，從菇子到采摘，短的生長周期內，羊肚菌根本無法代謝掉噴施的農藥，羊肚菌上肯定遺留噴施的農藥，這無論是自己食用還是流通，都是危險的。畢竟種菇的人和家人都是自己要先吃一些的，為了你和家人的健康，為了羊肚菌產業的永續發展，杜絕在出菇環節噴施任何農藥。
2. 出菇時間發生茂盛的雜草除了人工除草外，是沒有其他辦法的，但此時的雜草肯定是早期處理不當造成，我們可以從源頭把控減少雜草的危害。如在播種前，土地提前翻耕，通過2-3次的翻耕，即可很大程度的減輕雜草的危害;此外，播種之后，使用黑色地膜覆蓋，通過黑膜遮蔽陽光，可很好的控制雜草生長。這里強調一下地膜的使用，羊肚菌種植中的覆膜技術是非常經濟實惠的技術，在除草、避雨、保溫、保濕等作用上，任何一個要點需要，都建議使用地膜，地膜一畝地的使用總費用不超過100元，而一個作用要點有用即可收回成本。
3. 播種前，田地雜草過多，可合理使用除草劑。要求是，播種前1個月以上進行噴施;經過一個多月的衰竭，除草劑藥效已經喪失，對羊肚菌已無大礙;在噴施時，按照除草劑說明，用最低濃度噴施即可。
4. 最后，期待科研部門跟進對除草劑和羊肚菌關系的研究，可行的研究方案有：除草劑類型、噴施時間、使用濃度對羊肚菌長速、發菌、產量的關系;除草劑的使用時間和類型與羊肚菌菇子農藥殘留的關系。
