蘑菇病毒病危害不僅影響當年的產量下降，如菇房消毒不徹底，還會影響下一年的收成。蘑菇菌絲感染病毒后，不能形成子實體，嚴重時會導致菌絲體腐爛，菌床上出現大塊無菇區。
菇蕾感染病毒后，子實體發育畸形，有的菌蓋上出現褐色斑點，出現菌蓋歪斜；有的菌蓋上有缺口，菌蓋與菌柄生長不均衡，菌蓋特小或菌柄特長；或菌柄彎曲，出現菌柄下部削尖；或菌柄中央膨大成柄狀或壇狀；有的菇體呈水漬狀，擠壓菌柄都是水。其防治措施如下：
1、栽培時要經常更換品種，每一個品種在同一地區內，連續使用不得超過2年，各種菌株要交替使用（指貼生型和氣生型），避免連作而使菌株適應能力下降，染上病毒。
2、每次栽培前后，所有菇棚（舍）、工具都要用5%%甲醛消毒，也可用溴甲代烷熏蒸進行消毒，特別是老菇棚（室）的床架及地面，更應嚴格消毒。
3、栽培前，除消毒菇棚（室）外，還要在菇棚四角淺埋10~20片萬消靈（醫院有售），同時培養料點種后，料面用報紙覆蓋，每周用0.5%%的甲醛噴濕報紙2次，直到覆土為止。
4、已發現有病毒病的菇棚，蘑菇必須在開傘前采收完，并噴灑2%%甲醛消毒，以防孢子攜帶病毒擴散。
蘑菇病毒病的防治，主要是保持菇棚的衛生，加強菇棚的消毒工作。
