接種成活率低
原因：菌種過于老化或菌齡不足，尤其是母種接原種時，如遇培養基水分偏低，接種面水分損失嚴重時上述現象尤為明顯。
解決的辦法是：選用適齡優質母種（原種），注意觀察母種（原種）菌絲走勢，了解選用菌種的生產日期及配方等，配制培養基時要精確把握含水量，不可急于裝瓶裝袋，裝瓶裝袋過程中也要經常測量培養基的水份，防止培養基水份不足或過量，從而造成“干袋”和“水袋”現象。
發菌速度緩慢
發菌期溫度過高、培養基濕度過高、裝袋過緊、母種（原種）質量差。香菇菌種制作一般于6月底7月初，發菌期正處于7-8月的高溫季節，如遇連續高溫30℃以上，香菇菌種發菌速度明顯減慢甚至停滯，這時需要采用空調降溫以促進香菇菌絲的正常生長；配制培養基時要精確把握含水量，不可急于裝瓶裝袋，裝瓶裝袋時要注意松緊適宜，裝得過緊影響培養基的透氣能力，造成缺氧而發菌緩慢；選用母種（原種）時要確保菌種質量。
制袋接種成活率低
香菇菌種接種成活率及發菌速度正常，但在使用后，制袋成活率低?？赡艿脑蛴校合愎骄N老化或菌齡不足、菌種培養料配方不合理、菌種裝瓶或裝袋過松、制袋過松、人為操作失誤。
解決的辦法：及時使用已成熟菌種（如暫時不用可冷藏10-30天），制作菌種時應選用適合的培養料，精確稱量各配方重量，裝瓶或裝袋不可過松，菌種過松在制袋接種時可造成菌種散碎，嚴重影響制袋時的接種成活率，制作栽培袋時不可過于松散，栽培袋過松影響接種的成活率，人為接種不熟練也影響菌種的成活率。
總而言之，香菇菌種制作過程中，只有對配料、裝瓶（袋）、滅菌、接種、發菌管理等環節正確把握，對含水量、裝料松緊度、發菌溫度等需要精確把握，才能生產出優質的香菇菌種，為生產制袋打好基礎。
