食用菌菌種質量的好壞直接影響到產量和質量，做好菌種的保藏是確保食用菌增產的重要因素。
最常用的菌種保藏方法是利用冰箱保藏菌種，它具有簡單、經濟的優點，不僅具有良好的抑制菌種生長的作用，而且具有明顯的延緩菌種老化的作用。
但在生產實踐中，為了節約資金，降低成本，許多菇農常將菌種直接放在家用冰箱而不是專用冰箱內進行保藏。由于家用冰箱長期放有水果、飲料、肉蛋等食物，病原微生物可能乘虛而入，因此，在使用家用冰箱保藏菌種時應特別注意預防菌種感染。
要避免在菌種保藏過程中受到感染，認識和了解菌種感染的原因十分必要。家用冰箱雖然溫度很低，不利于中高溫型病菌生長繁殖，但低溫型病菌依舊可以正常生長繁殖，而且少數中高溫型病菌由于長期在冰箱的冷藏箱4-6℃的狀態下生存，已逐漸適應了低溫環境，與低溫型病菌一道，成為食用菌菌種的感染源。同時，在將水果、飲料、食品等食物放入冰箱的同時，一些病原微生物也隨之侵入，如果其中混有托蘭斯假單胞桿菌，則易使平菇菌種產生銹斑病，平菇菌種在這樣的環境下保藏時間越長，則銹斑病越嚴重。另外，冰箱的冷藏箱相對濕度較大，病原微生物非常容易生長繁殖，菌種被感染的機率也相應增大。
采取適當措施 預防菌種遭受感染
1、用固體石蠟密封保藏菌種
將棉塞與菌種試管口齊平，然后點燃蠟燭，用熔化的蠟燭滴在棉塞上，直至密封，冷卻后放入冷藏箱。這樣既可隔絕空氣和水分，又可有效防止棉塞因潮濕而感染，最后導致菌種感染。
2、用塑料袋密封保藏菌種
將菌種試管、菌種瓶裝入塑料袋內，然后將袋口扎緊，放入冷藏箱保藏。如果條件允許，可用抽真空器吸去袋內的空氣，實現真空保藏，這樣保藏效果更好。
3、定期對冰箱進行消毒
為清除冰箱內的污垢、異味和病原微生物，應定期對冰箱進行清潔、消毒。先用帶有適量洗滌劑的毛巾清洗，然后用潔凈的濕毛巾清洗，以清除污垢、異味和部分病原微生物。再用負氧離子發生器或紫外線殺菌燈進行徹底殺菌。因冰箱在保藏菌種的同時還用于冷藏水果、飲料和肉蛋等食物，所以切忌不能用甲醛、硫磺等類藥物進行熏蒸消毒。
4、降低冰箱空間濕度
在冰箱的冷藏箱內放入適量干燥劑，以降低冷藏箱的相對濕度，減少或杜絕病原微生物的生長繁殖，抑制病原微生物對菌種的進一步危害。
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