草菇是高溫型品種，其菌種不耐低溫，如較長時間保藏在10℃以下的環境菌絲會失去活力，甚至死亡；所以，它不能象其它品種食用菌種一樣利用冰箱在0～4℃條件下保藏。
草菇菌種的保藏方法與要點
傳代培養保藏法、液體石蠟覆蓋保藏法、栽培保藏法、冷凍干燥液態氮超低溫保藏法、懸液保藏法、自然基質簡易保藏法等。
生產上最常用的保藏方法是傳代培養保藏法。根據培養基成份的不同，傳代培養保藏有兩種方式：
1、試管斜面接種培養保藏：
將需要保藏的草菇菌種接到PDA試管斜面中，在30℃下培養，菌絲長滿培養基后，在20℃左右溫度下存放，最低溫度不要低于15℃。為減少保藏過程中基內水分的散失，通常將菌種放在塑料袋中，亦可用橡膠塞封緊管口。并每隔2～3個月轉管1次。
2、稻草斜面接種培養保藏：
稻草粉95％，石膏2％，麩皮或米糠3％，用石灰調節pH值8～9，含水量55％～60％。將配好的培養基裝入直徑25L、長250L的試管中，裝料量為試管長度的2／3，用棉塞封管口。滅菌后，接上草菇菌種，33℃下培養，待菌絲長滿試管時，用橡膠塞代替棉塞封緊管口。置15℃～20℃下保藏，每隔3～6個月轉管1次。
