菌種的分離與篩選是在食用菌栽培過程中的重中之重。食用菌的菌種在使用過程中存在著變異與退化，尤其是草菇菌絲，生長快退化也快，因此要定期引種或提純復壯，才能保證菌種質量及種性穩定，從而為最終產量穩定打下基礎。
1 組織分離
工廠化生產草菇時，為了保證種性穩定，大多采用定期組織分離、嚴格篩選，獲得菌種。一般每次選擇種菇時，首先要選擇出菇好（產量高，整體菇形大小適中，整齊度高）的菇房，菇房內無明顯病蟲害；其次在此菇房內選擇出菇最好的床架，從該床架中挑選出菇最好的料層；在該料層上最好的一片菇中選擇無雜菌蟲害、生長健壯、非常結實、底盤肥大的草菇幼菇（五六分熟，呈小水蜜桃狀）3～4個。采下幼菇立即放入無菌或潔凈的塑料袋中，連同分離用的試管培養基帶到菌種室超凈工作臺。
組織分離時，先用75%的消毒酒精消毒雙手和工具以及種菇表面（操作熟練者也可不消毒種菇表面），用充分灼燒的手術刀先在縱面上淺淺的環切一道（不要切破外菌幕），在種菇的基部從正中切開一個小口，用手捏種菇外部剝開菇蕾，在菇蓋與菇柄交界處用滅過菌冷卻后的手術刀淺切一個“田”字形，每個小塊3～4mm見方（盡量不要劃穿菇肉觸及菌褶），直接用刀將菌肉小塊接入試管培養基上，塞上棉塞。將菌肉小塊拍到試管底部，置于29～31℃環境培養。分離到的試管要達到24支左右，如因操作失誤而達不到此數量，要補充合格種菇再分離。
2 分離菌株的鑒定與篩選
2.1 初篩1
?、僖话惴蛛x培養3d左右菇肉上萌發出白色菌絲，此時挑出因操作不過關而導致斜面感染雜菌的試管，余下繼續培養；
?、诖z長至2cm左右時，觀察菌絲生長情況：a基內菌絲整齊濃密，纖細有力呈銀灰色，生長速度快；氣生菌絲爬壁能力強，長勢整齊一致的繼續培養；b.基內菌絲很稀疏，氣生菌絲長勢混亂，氣生菌絲發白，氣生菌絲遠比基內苗絲多或者感染雜菌，只要出現其中一種情況就剔除；
?、塾^察滿管快慢，標注滿管時間；
?、苡^察厚垣孢子出現早晚，標注時間；優先選擇先滿管先出現厚垣孢子的試管，留最好的12株，不足則有多少留多少。
2.2 初篩2
?、賹⑹Ｓ嗟?2株編號VZl～VZ12，取尖端菌絲轉管，底部3cm不動，每支轉20～30支，對應標注VZlMI～VZ12M1；
?、谵D管后剩余的菌種，在酒精燈下，敲破試管底部 （可用小砂輪沿底部無培養基處用力劃出痕跡，然后在火焰上稍稍烤一下，如未破裂，迅速用冷的酒精棉球冷卻可使試管底部破裂），用滅過菌的打孔器在底部1～2cm位置打孔取樣（打孔器直徑4～5mm），打2排孔，每排2個；靠基部的那排接到平板中央，另一排接到平板邊沿；菌絲面貼培養基，標注與轉管試管相同，置于29～31℃倒置培養；
?、坜D管試管的篩選方式與下述“草菇母種轉管篩選”相同；平板分2塊：接在中央的菌種，主要對比菌絲形態，色澤、均一度，是否存在角變，淘汰不穩定的菌株；接在邊沿的菌株，主要比較每組的平均生長速度，如果平板的蓋板無冷凝水的，比較其爬壁力；綜合評比后，篩選出最佳的8株。
2.3 復 篩
?、俅裨咦映霈F后，將篩選出的8個菌株的試管置于20℃下避光保藏；
?、?株菌株挑最好的1～2個平板接原種，離接種塊2cm處打孔取樣，每個樣接1袋原種，菌絲面貼料面。每個菌株接30袋，29～31℃避光培養，記錄其生長速度、觀測菌絲色澤及長勢（原種培養基須按配方精確稱量，嚴格控制料水比，拌料均勻，裝袋重量、高度、松緊度一致）。
?、酆Y選出表現最佳的4個菌株，每個菌株挑最好的20袋原種，5袋置于20℃避光保藏，15袋進行出菇試驗。
3 出菇試驗
出菇試驗對于所有食用菌的育種都是最關鍵的一步，通過出菇試驗比較不同菌株之間的優劣，篩選出不同菌株適合的生產模式。
草菇組織分離平板接原種的同時，外來引種經轉管篩選后的母種，每個菌株接30袋原種；當厚垣孢子都出現后，每個菌株挑出較好的15袋做出菇試驗。
?、?個菌株加外來引種各 15袋，每個菌株每組5袋，3個重復；
?、谘氐撞空劢歉钊ゴ?，袋口留2cm，多余割去，排在菇床架上；
?、蹏姵龉剿撼龉剿臏囟?、pH值與正常出菇水相同，總水量約為原種干重的30%，噴完出菇水后蓋無紡布進入催蕾環節；出菇水根據實際情況調節，做到底部不滴水，寧少勿多，防止因水分過多造成大幅度減產。
?、艽呃偌俺龉焦芾砼c常規同，采收記重時記錄每組的采收時間和采收菇重，統計分析時每組剔除1袋最差的，其余統計分析比較平均生物轉化率、開始出菇時間和清床時間；保留生物轉化率最高、周期最短的2個菌株；淘汰的菌株對應的保藏原種停止保藏，保留的2個菌株對應的保藏原種在有效期內輪流轉擴栽培種投人生產。
4 草菇母種轉管篩選
轉管前要將種源在29～31℃的環境下培養24～48h，轉管時要做到空白斜面無冷凝水，接種塊大小一致，規格3mm×3mm～4mm×4mm，菌種塊直接掉到底部，不要在培養基上劃過，29～31℃環境下避光培養。
?、俳臃N后24h，觀察萌動情況，正常12h萌動；
?、诮臃N后48h，觀察菌絲生長情況：a基內菌絲整齊濃密，纖細有力呈銀灰色，生長速度快；氣生菌絲爬壁能力強，長勢整齊一致的繼續培養；b基內菌絲很稀疏，氣生菌絲長勢混亂，氣生菌絲發白，氣生菌絲遠比基內菌絲多或者感染雜菌，出現其中一種情況要剔除；c相對a而言，生長速度略慢，標注后對比培養（有些種塊在接種時燙傷而萌動慢造成的，后期培養指標合格可以使用）；
?、劢臃N后72h，觀察氣生菌絲的爬壁能力，將爬壁能力較弱的剔除；
?、芙臃N后84～120h，正常菌絲滿管，比較檢查時要將培養不同天數滿管的標注并分開（分成3類）；培養144h未滿管的剔除；
?、萁臃N后156～240h，正常菌絲出現磚紅色厚垣孢子，每天檢查，出現厚垣孢子后，標注出現日期，當天放置到18～22℃環境避光保存（保藏時將不同天數滿管的分開放）；培養240h未出現厚垣孢子的剔除。
注：斜面母種在30d有效保藏期內使用的，對于同一批次同一品種的，優先使用菌絲先長滿的；在菌絲同一天長滿的里面優先使用先出現厚垣孢子的。
5 原種和栽培種的篩選
生產原種和栽培種之前，在接種前48h，取出保藏菌種置于29～31℃下恢復培養。
原種的篩選標準：以生長速度、菌絲色澤和健壯程度、厚垣孢子出現早晚為基準；采用標準棉子殼配方29～31℃培養，一般48～72h封面，8～10d長滿，12～15d出現厚垣孢子，10d內未長滿的淘汰；菌絲纖細有力呈銀灰色的保留，菌絲變濃白或局部變濃白的的淘汰；由于配方以及含水量的不同，上述參數會有所不同，根據實際情況選擇菌絲外觀好生長速度快的原種，出現厚垣孢子早的更好。
栽培種的篩選與原種基本相同，差異在時間上，一般使用標準配方在29～31℃培養，48h封面，7～10d長滿，11～14d出現厚垣孢子，10d內未長滿的淘汰。
6 菌種保藏期限
草菇母種出現厚垣孢子之后立即置于18～22℃環境避光保藏，30d內使用最佳，最長不超過60d，草菇原種出現厚垣孢子之后立即置于18～22℃環境避光保藏，20d內使用；草菇栽培種出現厚垣孢子之后最好立即使用，18～22℃下保藏前3天效果最佳，最多存放7d。
注意事項：
?、僭诓莨缴鲜褂玫脑嚬芘囵B基，要注意以下幾點：
a.培養基在配制至分裝前，做到攪拌均勻，防止因試管內營養差異影響對菌絲優劣的判斷；
b.試管培養基滅菌后冷卻、擺斜面時要防止出現大量冷凝水，培養基溫度在55～60℃的時候出鍋，溫度過高冷凝水多，溫度過低容易凝固；斜面擺好后要立刻覆蓋一些潔凈的保溫材料，防止凝固時產生大量冷凝水；如果少量定型的斜面存在冷凝水，應剔除；如果大多數試管都產生冷凝水，可在較密閉的干凈箱體內放置干燥劑（如生石灰塊）對試管進行干燥，待斜面上冷凝水除去后立即停止干燥。
?、陔H準草菇菌種配方：棉子殼84%，麩皮12%，輕質碳酸鈣2%，生石灰2%，料水比1∶1；滅菌后pH≤6.0。根據棉子殼的質量優劣，酌情添加1%蔗糖。
?、壑芷诘陌才牛涸诟鱾€環節都穩定的情況下，一般組織分離、出菇試驗90d做一次，如果出現高產菇房，立即做組織分離和出菇試驗。一次組織分離到出菇試驗結束需要40d，每次接試管到出現厚垣孢子需要7～10d，每次轉管出現厚垣孢子保藏20d需要進行下1次轉管（每次轉管的盡量在保藏1個月內使用），允許轉管3次。
