平菇抗雜菌污染能力雖然很強，但是生產上多采用生料栽培，許多雜菌往往在高溫、多濕、偏酸性及通風不良的環境中大量繁殖，泛濫成災，導致減產或絕收。為害平菇常見的雜菌有青霉、木霉、毛霉、根霉等。必須采取綜合防治措施，避免雜菌污染。
1、適時栽培，適時播種低溫不利于霉菌生長，所以要選擇低溫條件下播種。春季播種期可適當提前，秋季適當推遲。從理論上講，平菇菌絲生長最適溫度為25℃，這時滅菌培養基是合適的，但生料栽培時，要避開霉菌適生的溫度（25℃—30℃）。實踐證明平菇菌絲在氣溫20℃以下生長也很快，在低溫條件下播種更安全。
