一、選用優良的抗病蟲菌種。
二、栽培菇房位置的選擇
菇房必須建成南北長條形，這樣有利于通風透氣。同時要注意菇房周圍的環境衛生，不要把出口處建在靠近堆肥舍和畜舍的地方。要遠離釀造酒曲廠，否則容易感染雜菌。
三、栽培房的消毒
栽培房使用前一天必須進行熏蒸消毒滅菌。其具體方法為：
1、甲醛高錳酸鉀熏蒸
一般每立方米的室間需用40%甲醛8毫升，高錳酸鉀5克氣化熏蒸，也可以每10平方米使用福爾馬林原液210毫升，生石灰210克，濃硫酸21毫升。要注意先加石灰、福爾馬林，最后加入濃硫酸，加入后立刻氣化。熏蒸時，要注意把門窗縫漏處糊起來。
2、二氧化硫熏蒸消毒
方法是在栽培室內燃燒硫磺，用它所產生的二氧化硫來消毒。在室內放一個陶瓷容器，其上放紙或刨花，再加上硫磺，然后把紙或刨花點燃，進行熏蒸。因為二氧化硫氣體比空氣重，一旦發散成氣體，就會下沉，所以燃燒硫磺的容器最好放在栽培室的上方。這種氣體會腐蝕金屬和衣服，消毒時必須注意。
3、漂白粉消毒
高效的漂白粉即是氯化石灰、氯化鎂，含有效氯量40%—80%左右。使用方法是1克的漂白粉加1.8升水，靜置1—2小時，取其上清液在室內全面噴霧，每平方米噴施1升。菇房內外，栽培架都要用5%的硫酸銅溶液全面噴射。
四、栽培管理
1、溫度和濕度的調節高溫、高濕是雜菌繁殖生長的最好環境條件。外界氣溫高時，菇房的相對濕度要降低，一般要求控制在85%—90%左右，如果濕度太高，各種霉菌發生迅速，勢必影響金針菇的產量和質量。還要注意菇房通風換氣，保持室內空氣新鮮。
2、清除污染瓶、袋，在菇房里被雜菌污染了的瓶、袋必須及時清除出房外，燒毀或深埋，絕不能在菇房里挖瓶或掏袋。否則，雜菌孢子會擴散到整個菇房，進而污染其他的瓶、袋。
3、每批金針菇收獲后，房間必須進行清潔、熏蒸消毒。
4、栽培管理用水可以加入漂白粉、土霉素，可以防治病害雜菌的發生。
五、及時殺滅害蟲
危害金針菇的害蟲主要有菇繩、尖眼蕈蚊、螨類。溫度升高時，這幾種害蟲發生特別厲害。在菌絲蔓延期間，只要見成蟲飛出就要用殺蟲劑防治。敵敵畏是理想的藥物，馬拉硫磷、二嗪農、除蟲脲或溴氰菊酯都可以用。有菇蕾發生時，即應停止使用。
