姬松茸有抗雜菌的能力，一般情況下不受雜菌的侵害，關鍵是要十分注意通風換氣，勿使菇房內或畦床面長期過濕。雜菌和病蟲害一般在覆土前后發現，剛出現時可用噴燈灼燒。
姬松茸栽培過程中常見的病蟲害有：
蛞蝓：
用6%密達顆粒劑2次防治效果可達93.6%；用70%WP百螺殺20G/畝2次防治效果可達87.4%。
螨蟲：
培養料巴氏消毒處理能有效地控制雜菌發生，堆料時拌入三氯殺蟥醇，或床面上噴灑菊東合酯，嚴重時用磷化鋁熏蒸處理。
線蟲：
培養料經巴氏消毒處理能有效地殺滅線蟲，輕度時采用殺中心雙乳（50倍）或馬拉松乳劑（500倍）噴灑料面，嚴重時用磷化鋁熏蒸菇房。
菇蚊：
用菊合酯（1000倍）或敵殺死（1000倍）噴灑。
菇蠅：
用2.5EC氯氰菊脂3000倍3次防治效果可達84—90.3%。
鬼傘菌：
培養料成熟度要好，游離氨多時要用甲醛處理后再上床，如果床面已出現鬼傘應立即拔除干凈，待氣溫下降后自行消失。
胡桃肉狀菌：
用50%WP施保功2000倍1次防治效果可達76.0%。
疣孢霉?。?br />
要求培養料在菇房內二次發酵，通蒸汽進行巴氏消毒（60℃情況下保持6－10小時）處理，覆土用50％福爾馬林（2KG/M2土）消毒，覆土后調水時用高效殺菌劑或多菌靈均勻噴灑床面和周圍環境。發病時應立即停止噴水，加大通風，降低菇房溫度和濕度，挖掉病菇、菌絲塊和覆土，換上新土，在發病部位均勻噴灑上述農藥，使用濃度同上或加倍。嚴重時菇房用福爾馬林（10ML/M）或氣霧消毒盒（2－4G/M）熏蒸1小時，通風2－3天，待床面干燥后再噴藥。
