在香菇生產的過程中，常受到病蟲的危害，如果防治不利，會使香菇栽培陷入惡性循環的境地，輕則造成減產，重則栽培失敗，所以，必須引起高度重視。
嚴格把好菌種關
在確定生產用的優良品種以后，菌種是否被雜菌污染則是優質菌種最基本的條件。優質菌種可采用目測和培養的方法來確定。凡菌絲粗壯，打開瓶塞具特有香味，可視為優質菌種。有條件的，還應抽樣培養，同時還可檢查菌絲生活力。
嚴格把好菌袋加工關
塑料袋應選擇厚薄均勻、無沙眼、彈性強、耐高溫、高壓的聚丙烯塑料袋，培養料切忌太濕，料水比掌握在1∶1.1～1.2；裝料松緊適中，上下表內一致；兩端袋口應扎緊，并用火焰熔結，在高溫季節制菌袋時，可用1∶800倍多菌靈溶液拌料，防治雜菌。
嚴格把好滅菌關
常壓滅菌應使灶內溫度穩定在100℃，并持續8小時；鍋內菌袋排放時，中間要留有空隙，使蒸氣暢流菌袋受熱均勻；要避免因補水或燒火等原因造成中途降溫；從拌料到滅菌必須在8小時內完成，從滅菌開始到灶溫上升到100℃不可超過5小時，以免料發酵變質。
搞好環境衛生，凈化空氣
使空氣中雜菌孢子的密度降得最低，是減少雜菌污染最積極有效的一種方法。裝瓶消毒冷卻，接種、培養室等場所，均需做好日常的清潔衛生。暴雨后要進行集中打掃。堅持每天在空中、地面用0.2%肥皂水或3%～4%石碳酸水溶液，5%甲醛，1∶500倍50%的多菌靈水溶液及5%～20%石灰清水等交叉噴霧或噴灑，將廢棄物和污染物及時燒毀或浸入藥水缸，以防污染環境和空氣。
嚴格無菌操作
接種室應嚴格消毒；做好接種前菌種預處理；接種過程中菌種瓶用酒精燈火焰封口；接種工具要堅持火焰消毒；菌種盡量保持整塊；接種時要避免人員走動和交談；及時清理接種室的廢物，保持室內清潔。
科學安排接種季節
必須根據香菇菌絲生長和子實體發生對溫度的要求，科學安排接種季節。過早接種或遇夏秋高溫氣候，既明顯增加污染率，又不利菌絲生長；過遲接種，污染率雖然較低，但秋菇生長期縮短，影響產量。接種以日平均氣溫穩定在25℃左右時為最好。
夏季氣溫偏高時，接種時間應安排在午夜至次日清晨。
改善環境因子、控制雜菌生長
雜菌發生快慢和輕重，在很大程度上取決于各種環境因子，特別是香菇栽培塊或菌筒上的霉菌發生時應通風換氣。溫度、濕度等環境因子有利于香菇生長發育時，香菇菌絲生活力旺盛，抗性強，雜菌就不易發生，反之，雜菌便會乘虛而入，迅速發生。因此，在日常管理工作中，盡可能創造適宜于香菇菌生長發育的環境條件也是一項很重要的預防措施。
減少菌絲未愈合時發生霉菌，采取將門窗關好(定量開窗通風幾次)，除去覆蓋的薄膜，待控制霉菌后再蓋上的措施。若個別栽培塊發生霉菌，不要急于處理，待菌絲愈合后再作處理，但需增加掀動薄膜的次數，并加強栽培室通風換氣和降溫減濕。
霉菌發生在栽培塊或菌筒表面，尚未入料，一般可以采用pH 8～10的石灰清水洗凈其上的霉菌，改變酸堿度，抑制霉菌生長。若霉菌嚴重，已伸入料內，可把霉菌挖干凈，然后補上栽培種。霉菌特別嚴重的栽培塊或菌筒，可拿到室外，用清水把霉菌沖洗干凈，晾干2～3天后，再噴灑0.5%過氧乙酸(CH3COOH)可收到顯著的防治效果。
加強檢查
在氣溫較高季節，培養室內菌袋排放不宜過高過密，以免因高溫菌絲停止生長或燙傷，影響成品率。發菌5～6天后，結合翻堆要逐袋認真檢查，發現污染菌袋隨即取出。對污染輕的菌袋，可用20%甲醛或5%石碳酸或95%酒精注射于污染部位，再貼上消毒膠布。
對青霉、木霉污染嚴重的菌袋，添加適量新料后重新滅菌接種；污染鏈孢霉的菌袋，及時深埋。此外，要防鼠滅鼠，避免老鼠間接污染，對污染廢棄的菌袋要集中處理，千萬不能到處亂扔，以免造成重復感染。
常見雜菌與防治
1、木霉
木霉又稱為綠霉菌，廣泛分布于各種植物殘體、土壤和空氣中。木霉靠孢子傳播，常借助氣流、水滴、昆蟲、原料、工具及操作人員的手、衣服等為媒介，侵入培養基內，一旦條件適宜就萌發繁殖為害。當生產環境不清潔、培養料滅菌不徹底、接種操作不嚴格，且處于高溫高濕條件時，就給木霉侵染造成良機，尤其是多年的菇場和老菇房，常是木霉猖獗危害的場所。
危害香菇生長的所有雜菌中，木霉威脅最大。木霉適應性強，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌絲生長。木霉能生長在生長勢減弱的香菇菌絲體上，使香菇組織細胞溶解死亡。
木霉在4～42℃范圍內都能生長，孢子萌發喜高濕環境，侵害香菇培養基時，初期為白色棉絮狀，后期變為綠色。菌種如果被木霉危害，必須報廢，即使輕度感病的菌種也應棄之不惜。
木霉至今沒有理想的根治性藥物，常用的殺菌藥，對木霉只是抑制，而不是殺死，加大藥量，只能同時殺死木霉和香菇菌絲。因此，創造適合香菇菌絲生長而不利于木霉繁殖的生態環境，是控制危害的根本措施。
一旦發生木霉為害，要立即通風降濕，以抑制木霉菌的擴展，處于發菌階段的培養料感病以后，可采用注射藥液的方法抑制木霉擴張，常用的藥液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1：200倍的50％多菌靈、75％甲基托布津、pH值為10的石灰水，此外，往污染處撒白灰面，防治效果也很好。
2、鏈孢霉
鏈孢霉生長初期呈絨毛狀，白色或灰色，生長后期呈粉紅色、黃色。大量分生孢子堆集成團時，外觀與猴頭菌子實體相似，鏈孢霉主要以分生孢子傳播為害，是高溫季節發生的最重要雜菌。鏈孢霉菌絲頑強有力，有快速繁殖的特性，一旦大發生，便是滅頂之災，其后果是菌種、培養袋或培養塊成批報廢。
防治鏈孢霉，首先應盡量避免在高溫季節生產。在香菇發菌階段溫度最好控制在20℃以下，這樣鏈孢霉生長緩慢，可減少污染。香菇發菌場所潮濕有助于鏈孢霉的發生，所以控制發菌場所的濕度就可以有效地防止鏈孢霉發生。鏈孢霉的藥物防治可參照木霉的防治。菌袋生產時，如果發現鏈孢霉，要在分生孢子團上滴上柴油，可防止鏈孢霉的擴散。菌袋發菌后期受害，一般不要輕意報廢，可將受害菌袋埋入深30－40厘米透氣差的土壤中，經10－20天缺氧處理后，可有效減輕病害，菌袋仍可出菇。
3、毛霉
毛霉又叫黑霉，長毛霉，菌絲初期白色，后灰白色至黑色，說明孢子囊大量成熟。該菌在土壤、糞便、禾草及空氣中到處存在。在溫度較高、濕度大、通風不良的條件下發生率高。生長速度明顯高于香菇菌絲，毛霉菌絲體每日可延伸3厘米左右。
毛霉在香菇菌絲體培養期間侵染時，蔓延速度快，數日內便能布滿基質，而受害的香菇菌絲則生長緩慢，步履艱難，盡管最終仍能伸達基質各處，但香菇菌絲已無正常濃白色，而是呈灰黃色。
發生的主要原因是基質中使用了霉變的原料，接種環境含毛霉孢子多，在悶濕環境中進行菌絲培養等等。防治方法同木霉。
蟲害問題
袋料栽培中危害香菇的害蟲主要為螨類和線蟲。菌筒室內培養期間主要是螨的危害，后期主要為線蟲。培養室或栽培場發生害蟲危害可噴高效低毒農藥，1∶1 200～1 500倍的特殺螨，1∶50倍的殺蟲乳劑和1∶500倍的馬拉松乳劑防治線蟲可收到良好效果。
