進入盛夏，地栽黑木耳進入澆水的主要時間段。此期如管理不當，菌袋內常會積水發生綠藻感染，繼而發生細菌感染或霉菌感染。造成紅根爛耳現象，致使木耳品質下降、產量降低。
產生原因
1、全光栽培，地擺過早，而澆水催耳時間較晚，初期曬菌時間過長，使菌袋與菌體脫離，澆水時水順劃割口存入袋內產生綠藻。
2、發菌期或催耳期菌袋上熱，菌袋內廢棄物過多，產生黃水或紅水，既而產生綠藻。
3、水源水質差，水內含有雜菌或水藻。
預防措施
治療以預防為主，菌袋室內養菌或劃口催耳期避免菌袋上熱。全光栽培催耳期可適當延后，或改用短草簾子覆蓋催耳等手法進行催耳。制菌時應選用菌絲生長快、抑制雜菌能力強、出耳較快的菌種，最好是選用脫毒菌種。
治療方法
1、停止澆水進行曬菌，曬菌可將袋內水分曬出，使綠藻失水死亡，曬菌前最好將存水處的菌袋劃開放水。
2、改用流動水或井水澆耳，無法改變水源時可向水源內適量加入漂白粉。
3、藥物治療方面：藥物治療效果不明顯，原因是藥物無法進入菌袋內，即使進入菌袋內，藥物在殺滅綠藻的同時也將殺死部分有益菌，藥物可選擇各種殺菌劑。
