在黑木耳生產過程中常常有雜菌和病蟲害發生影響生產和黑木耳質量，特別是在高溫和適宜溫度季節，病蟲害的發生及危害是黑木耳栽培中的大敵，因而，防治病蟲害工作十分重要，應予重視并作好防治的工作。
(一)常見雜菌及防治措施
黑木耳的病害主要表現為雜菌的侵染，常見雜菌有：
1．木霉：木霉污染，初期菌絲為白色，后逐漸產生綠色孢子而變成淺綠色，進而成為深綠色。木霉主要發生在菌種瓶（袋）未萌發的料內和沒有徹底清除的耳基上，若不及時處理，擴大蔓延很快，病區木耳菌絲不能生長或生長不良。
防治措施：培養基滅菌要徹底，菌袋出耳期間發生木霉，可先將菌袋置于陽光下晾曬1~2天，再用0.2%或0.1%高錳酸鉀或0.2%多菌靈溶液噴灑消毒。
2．毛霉生根霉：初期為淺白色在25~35℃條件下，其菌絲及假根長入培養基后向上伸出較長的孢子柄，頂端為黑色孢子襄。其危害是隔絕氧氣，爭奪養分和水，分泌毒素，影響黑木耳菌絲的生長。
防治措施：參照木霉防治措施。
3．鏈孢霉：初期菌絲淺白色，菌絲生長速度極快，前期易在袋內產生淺黃色積水，并在袋口或塑料袋破裂處形成白色塊狀原基，成熟后變為桔紅色粉狀孢子。鏈孢霉主要危害是與黑木耳菌絲爭奪營養。多在生產木耳菌袋時發生，對菌袋生產威脅很大。
防治措施：黑木耳菌袋生產，盡可避開高溫季節，在接種方法上宜采用套袋法，避免菌袋間互相污染。發現鏈孢霉應及時撿出。并在其場地噴打0.2%多菌靈或漂白粉溶液。
(二)常見蟲害及防治措施
代料栽培黑木耳害蟲的危害較少，在菌種生產和栽培室常見到的害蟲有：
1．線蟲 線蟲是一種無色的小蠕蟲，體形很小，僅1毫米左右，需在顯微鏡下觀察。線蟲危害木耳菌絲，使培養料產生一種暗色潮濕沒有木耳菌絲的病區，常產生刺激性的氣味。用甲基臭熏蒸可以殺死線蟲，濃度為每小時600毫克/升。
2．跳蟲 跳蟲是一種彈尾目的昆蟲，看起來好象煙灰一樣，又叫煙灰蟲。危害食用菌的主要是紫跳蟲，跳蟲體長2—3毫米，全身紫黑色。主要危害子實體。如栽培養室發生跳蟲，可噴0.1%的魚藤精或除蟲菊脂（1:500~2000）。
(三)常見“病”害及防治措施
黑木耳的“流耳”（又名“醣性耳”或“水爛耳”）是細胞充水破裂的一種生理障礙現象。黑木耳在接近成熟時期，不斷地產生擔孢子，消耗子實體里面的營養物質，使子實體趨于衰老，此時遇到過大的濕度極容易潰爛。在溫度較高，特別是濕度較大，而光照和通氣條件又比較差的環境中，子實體常常發生潰爛。受細菌和害蟲的破壞也是造成耳片潰爛流失的原因。在子實體生長時期，要加強管理，及時采收。除搞好預防之外，可試用25單位/亳升濃度的金霉素（或土霉素）溶液，或者500倍液的代森鋅（或退菌特）溶液噴霧，防止“流耳”。如果已經出現“流耳”，應當及時把木耳采摘下來，快速干制，以減少損失。流耳用小刀刮除，用毛刷蘸水洗刷流耳部位，清除粘附于耳上的膠質物，以利幼耳生出。否則，不易生耳。
(四)病蟲害的綜合防治
防治黑木耳的病蟲害，要貫徹“以防為主，綜合防治的植保方針，實行綜合防治。在栽培生產中，應當加強實地觀察，探索、研究和掌握病蟲害的發生、發展和危害規律，以便采用相應措施，做好防治工作。
上面講到的幾種雜菌、害蟲及病狀的發生與危害，具有一個比較普遍的共性，即大多數喜歡生活于溫度較高、濕度較大、光照不足、空氣不新鮮的環境中。采取綜合措施防治病蟲害，應努力做好以下工作：
首先，應當盡可能選擇良好的栽培場所，嚴格加以清理，保持衛生，減少病源，給黑木耳創適宜的生活環境。
其次，要大力提倡早接，使黑木耳菌絲體優先占據培養基，減少雜菌的入侵機會。實踐證明，凡提早接種栽培的耳袋，出耳率高，生長發育快，雜菌少；而晚接種的耳袋，雜菌往往很嚴重。
再次，要加強科學管理，調節好栽培環境的溫度和濕度，注意通風光照程序，加強通風管理，保持栽培場所空氣清新。要不斷地割除耳場的茅屋草，清掃害蟲躲藏的地點，使害蟲和雜菌不易繁殖。若在耳場四周挖一道小溝，灌注清水，對防止害蟲入侵有一定效果。經常晾曬耳袋，可以用紫外線殺滅蟲卵和雜菌孢子。輕度發生雜菌耳袋可涂刷1~3%生石灰液，也有防止雜菌入侵的作用。同時還要注意及時采收成熟的黑木耳，以防成熟過度自隔分解，引起病害蔓延。
綜上所述，加強人工管理，不斷地革新栽培技術，是防治害蟲、雜菌的一個有效措施。只有在十分必要時，才可施用化學藥劑。施用的藥物要考慮不防礙黑木耳的正常發育，且施藥后黑木耳無殘毒。
如果栽培場所已經發生了害蟲，可試用安全有效地低毒低濃度的藥劑進行防治，做到“治早、治小、治了”，把害情控制在最小的范圍之內?，F在已經被應用于防治黑木耳害蟲的農藥有：敵敵畏、敵百蟲、滴滴涕、樂果、魚藤精、魚藤粉、三氯殺螨砜、退菌特、馬拉硫磷（4049）、六六六粉、漂白粉、生石灰及茶籽餅等。這些藥物的殺蟲效果都很好。在配制和施用時，要按照該藥的使用說明進行，不可隨意加大濃度，否則，不僅影響黑木耳生長發育，還會留下殘毒。施藥最好是在采耳之后進行，避免黑木耳直接承受藥液，減少藥害。
耳袋上的害蟲較多時，應設法驅防，減少危害。把耳木放進清水里浸泡幾個小時，能夠浸除耳木上的害蟲。
