草菇生產中整個過程都處于高溫高濕環境中,蟲害及雜菌都較多。雜菌主要是鬼傘菌、木霉、青霉等。發生鬼傘的主要原因是原料含氮量偏高,pH值偏低,發酵和消毒不徹底等。木霉、青霉主要是由于發酵不充分，菇房內溫度偏低等原因引起。防治方法：選擇新鮮無霉變原料，添加輔料時含氮量高的原料比例不要超過5%，含水量控制在70%左右，pH值不能小于7，消毒要徹底。
草菇的主要蟲害有菇螨、線蟲、菇蠅等。這些害蟲均會吞吃菌絲體，使菇枯萎死亡。防止害蟲的侵害首先要注意菇房及周圍的環境衛生。發現菇螨時，可用殺螨酵500—1000倍溶液噴霧，噴霧前停止噴水。線蟲的防治,一要嚴格控制培養料的含水量在70%左右,另外加溫消毒時，最好在鋪床后6小時-12小時進行，可大大減少線蟲的為害。防止菇蠅方法有：培養料堆制發酵時要用薄膜蓋嚴，播種時盡量防止菇蠅進入菇房，播完種后蓋上薄膜再噴些敵敵畏。此外，還要特別防止老鼠的為害，老鼠會將培養料爬亂，損傷菌絲，嚴重影響產量。
