對于雜菌孢子長出袋外的暴露型污染的菌袋，如鏈孢霉污染的，最好是在分生孢子團呈淺黃色時，進行處理，而當已產生分生孢子團并呈橘紅色時，應用潮濕的布包裹好感病部位，集中進行處理，搬時要輕拿輕放，減少震動，盡量減少分生孢子的飄散危害，或者用少量的煤油、柴油蘸濕感病部分，殺死病原，控制蔓延。
對于病菌菌落較少、每袋僅1－2個菌落的感染較輕的菌袋，可用75%酒精或10%－15%福爾馬林注射，控制病菌蔓延。
對于感染重的，可采用以下兩種方法進行處理：一是在生產季節，將菌袋高壓滅菌后，再摻入新料中，重新利用；二是將污染的菌袋深埋或燒毀；切忌將污染的菌袋到處亂扔或未經任何處理就脫袋到處攤曬，讓病菌孢子到處飛揚，造成嚴重的重復污染。
