糞草生菌發菌期的病害，主要來自土壤、培養料以及老菇棚殘存的病菌絲、孢子或受污染的廢棄物。糞草生菌發菌期病害應采取綜合防治。
菇棚要設置在環境干凈，通風向陽的地方。進料前3－5天可用甲醛或硫磺密閉熏蒸，床架使用前要用清水或5%石灰水，或10%漂白粉水沖洗。菇棚墻壁與四周，可分別噴1:800倍的80%敵敵畏和5%石灰水，以除蟲防病。
做好覆土的消毒工作。將土粒先經陽光暴曬，再用甲醛熏蒸。
菇房的門窗及通風口，要安裝60目的紗窗、紗門，防止害蟲飛入。一般成蟲有趨光性，可在菇房附近安裝黑光燈誘殺。
