利用害蟲習性進行防治 （１）對菌蚊可用人工捕捉；（２）將發生癭蚊的菌袋放在陽光下曝曬１－２小時或撒上石灰粉，可有效殺滅癭蚊。
誘殺 （１）蚊蛾可用黑光燈或節能燈誘殺，方法是在燈下的水盆中放入０．１％的敵敵畏，害蟲落入盆中即被殺死；（２）在強燈光處放置涂有４０％聚丙烯的粘蟲板可誘殺粘蟲。
曲霉的防治 （１）及時清除廢料；（２）瓶裝料時料不能與棉塞相接觸，裝瓶完畢后洗凈瓶口，除去雜物，保持棉塞清潔；（３）食用菌采收完后施用５ｐｐｍ的多菌靈。
綠霉的防治 （１）降低菇房的溫度和濕度，加大通風量，用草木灰覆壓有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飛揚傳播；（２）取生石灰９份、多菌靈１份、水適量拌勻，涂刷霉菌處；（３）生料栽培時，每１００公斤干料中添加克霉靈１００克，可徹底防止霉菌滋生；（４）在霉菌處撒上高錳酸鉀顆粒后，再在其外圍噴水；（５）用５％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排掉石灰水，補上新料；（６）在霉菌處涂９５％的酒精或煤油，點火將其燒掉，然后挖除，填補新料。
細菌的防治 （１）培養基滅菌要徹底，滅菌時溫度、壓力、時間都要達到要求；（２）培養基做好后，在３０℃的培養箱內放置一天后再用，以確保無細菌感染培養基；（３）培養基內可加入抗生素，一般以每毫升１００－２００單位為宜。（金雪依）
