金針菇在出菇管理中稍有疏忽，很容易發生異常，影響產量和質量。
1.肥胖菇。菌蓋肥大，菌柄粗短。原因：①菌種塊上出菇；②搔菌過晚或現蕾后搔菌；③料面干燥，菇蕾稀少或只在沿袋壁四周出現少量菇蕾。防止辦法：①適時搔菌，刺激料面同步現蕾；②在菇蕾出現后再撐開袋筒，防止料面干燥；③在沿袋壁四周見有菇蕾時，將其壓死，防止肥胖菇發生。
2.針頭菇。無菌蓋，菇體似針頭狀。原因：二氧化碳濃度過高，只長菌柄，不長菌蓋。防止辦法：加強通風，降低空氣中二氧化碳濃度。
3.水菇。似水浸樣，顏色發暗，呈半透明。原因：噴水過多，溫度過高，蒸騰作用減弱，水分滯留菇體。防止辦法：定期通風，減少噴水，保持空氣相對濕度75%～80%為宜。
4.疲軟菇。菇體軟而不挺直。原因：溫度偏高，且缺氧。防止辦法：①預防高溫；②做好馴養抑制，在低溫、干燥、通風條件下，使幼菇生長整齊、堅實、無水跡。
5.扭曲菇。菇柄彎曲或扭曲，有時呈“麻花”狀。原因：菇棚內光照方向多變。防止辦法：設置頂光，遮蓋四周光源，促使菇柄朝一個方向伸長。
6.側生菇。在袋壁四周長出菇體。原因：裝料松，尤其是較為松軟的培養料，培養后期，在袋壁與培養料之間出現間隙，一旦生理成熟，往往形成側生菇。防止辦法：將料裝緊壓實，上下均勻，使料緊貼袋壁；對已形成的側生菇壓死，防止營養消耗。
7.早開傘。菌蓋過早展開或脫落。原因：①培養料含水量不足；②袋簡短，菌柄很快長出袋口，供氧過量，且溫度又偏高。防止辦法：注意補水；適當控制袋內二氧化碳濃度，加套薄膜袋；溫度高時做好降溫。
8.菌柄基部聯結。原因：在提升袋口薄膜抑制菌蓋生長時，因薄膜透氣性小，袋筒內氧氣不足，導致菌柄基部絨毛增多，柄與柄之間發生聯結。防止辦法：將袋口薄膜分次翻折，增加袋筒內含氧量；在幼菇長到1～2厘米時，把袋口翻折，使袋筒高出料面4～5厘米，待長到5～6厘米時，再全部拉直袋筒，增高二氧化碳濃度，讓菌柄盡快伸長。
