栽培種的質量主要看菌種的長相和活力、是否老化、有沒有污染和螨害，對于購買栽培種的菇農，拿到菌種后首先看標簽上的接種日期，看是否老化；如在正常菌齡內，再將菌齡與外觀聯系起來判斷菌種質量。然后仔細觀察棉塞和整個菌體，看是否有霉菌污染和螨害，最后看長相，看是否有活力。是否有霉菌主要通過感官鑒別：
（1）長相和活力 優質菌種外觀水靈、鮮活、飽滿，菌絲旺盛、整齊、均勻（蜜環菌除外）這是菌絲細胞生命力強、有較強生長勢的表現，是品種種性優良、菌種優質的重要標志。相反，則表明該品種已老化，不宜投入生產使用。
（2）老化 老化菌種的特征是外觀發干，菌絲干癟，甚至表面出現菌皮，或有粉狀物，菌體干縮，與瓶（袋）分離，還可能有黃水。
（3）污染 污染有兩種情況，一是霉菌污染，而是細菌污染。霉菌污染比較易于鑒別，污染菌種的霉菌孢子幾乎都是有色的，常見顏色有綠、灰綠、黑、黑褐、灰、灰褐、橘紅等。有時霉菌污染后又被食用菌菌絲蓋住，這種情況下仔細觀察可以見到淺黃色的拮抗線。細菌則較難鑒別。細菌污染不像霉菌那樣菌落長在表面，一看便知，而是分散在料內。有細菌污染的菌種外觀不夠白、甚至灰暗，菌絲纖細、較稀疏，不鮮活，常上下色澤不均一，上暗下白，打開瓶塞菇香味很淡。
（4）螨害 在我國南方，菌種的螨害時常發生。螨害主要來自培養場所的不潔，菌種培養期從瓶（袋）口向里鉆，咬食菌絲。有螨危害的菌種在瓶（袋）內壁可見到微小的顆粒，小得像粉塵，菌種表面沒有明顯的菌膜，培養料常呈裸露狀態。肉眼觀察不清時可以用放大鏡仔細觀察。
劣質菌種首先表現為外觀形態不正常，如表面皺縮，不平展，不舒展，長速變慢；氣生菌絲雪花狀、粉狀、凌亂、倒伏，生長勢變弱；有的是氣生菌絲變多、變少或沒有；菌絲不是正常的白色，而是呈現微黃色、淺褐色或其他色澤，或由鮮亮變暗淡；有的分泌色素吐黃水；菌體干縮、色澤暗淡、上下色澤不一致、表面有原基或小菇也是劣種的表現。(引自張金霞《食用菌優質安全生產100問》）
