主要特點：疣孢霉的分生孢子和厚垣孢子只感染子實體，不感染菌絲體。子實體受到輕度感染時，菌柄腫大成泡狀畸形，故叫濕泡病。但在子實體發育階段不同，病癥也不同。子實體未分化時被感染，則有一種如硬皮馬勃狀的不規則組織塊，上面覆蓋白色絨毛狀的菌絲，并逐漸變成暗褐色，常滲出暗黑色汁滴。菌蓋和菌柄分化后感染，菌柄變成褐色，感染在菌褶上則有2種白色的菌絲生長物。
傳播途徑：疣孢霉是普通的土壤真菌，菇房周圍的土壤和廢棄物是它的病源。疣孢霉病菌主要通過覆土、空氣、操作人員、工具及昆蟲、老鼠等攜帶傳染給菌床及菌塊。
防治措施：如果覆土被疣孢菌污染，可采用巴斯德滅菌法（60℃）處理1小時，或用4%甲醛消毒覆土，還可在覆土中噴1∶500的多菌靈藥液或托布津藥液滅菌。開始發病時，立即停止噴水，加大菇房通風量，往培養架上、墻壁上、地面上噴灑1%～2%甲醛溶液或1∶500多菌靈藥液滅菌。發病嚴重時，除掉覆土，更換新土，銷毀病菇，所有的工具都應浸在濃度為4%的甲醛溶液中消毒。
2.枯萎病。又稱死枯病，是生理性病害。主要為害蘑菇、平菇、鳳尾菇、靈菇、滑子蘑等。
主要特點：菇蕾形成后，大小不等的子實體都可以發生此病。發病后停止生長，變黃、萎縮、變軟、變干，最后枯死或腐爛。
病因：發生此病是生理上受阻的結果。主要原因是原基形成后培養料過干，使菇蕾枯萎；或者是出菇過密，營養供應不上，使部分小菇死亡；或者是菇房溫度過高，濕度過大，通風情況不好，空氣中二氧化碳含量過多所造成；還有采菇時不慎碰傷了小菇蕾，均會發生此病。
防治措施：子實體出現枯萎時，首先要弄清發病原因，采取相應措施。切忌在出菇后的菇房內噴藥，否則容易產生藥害。特別是平菇和鳳尾菇，在出菇期間絕對不可以噴灑敵敵畏。
3.畸形菇病。生理性病害。食用菌在形成子實體期間，遇到不良環境，子實體便會產生各種畸形。
主要特點：菌蓋小而薄、柄細長、早開傘。這種現象平菇和鳳尾菇多發生在頭茬菇之后，而香菇則發生在頭茬。主要病因是高溫、光線不足、營養缺乏等。
長柄菇主要發生在側耳屬的子實體形成期間，子實體呈珊瑚狀或菌蓋極小，而菌柄根部粗大。主要原因是光線不足、通氣不佳、二氧化碳含量過高。子實體倒斜現象的發生，一般都是朝有光的一面傾斜，其原因是子實體在生長過程中的趨光性，當菇房中的光線不均勻就會造成此病。在不同的生長過程中經常出現的菌絲萎縮，有時甚至死亡的現象，主要是菌種不健壯，接到新的培養料上不吃料；或者培養料含水量過干或過濕；或者料內溫度過高，造成燒菌；或者培養料內通氣不好以及酸堿度不適宜等。
防治措施：每一道程序、每一個工藝都必須科學、嚴格按要求進行。
4.猝倒病。屬于真菌性病害。主要是由鐮包霉菌和菜豆鐮霉菌引起。主要病癥是子實體被侵染后，菌柄髓部萎縮變成褐色，菇體變得矮小。此病發生在早期，與健康菇在外形上相似，不易察覺，只是菌蓋變暗，菇體不再生長，最后變成僵菇。
傳染途徑：因為鐮包霉菌可在土壤中長期存活，所以通過土壤傳染是主要傳染途徑。通過空氣和一些使用器具也可以傳染。
防治方法：對覆土進行滅菌是防治此病的主要方法。一般用1∶500的多菌靈或托布津藥液噴灑消毒。
