空心菇主要是由于出菇期間水分管理不當造成的。在出菇期間，菇房空氣濕度過低，菇體水分蒸發快，再加上土面噴水少，土層過干，尤其是粗土層過干，迅速生長子實體得不到水分的補充，就會在菇柄產生白色疏松的髓部，甚至在菌柄中產生空心菇。如在蘑菇盛產期，加強水分管理，及時噴水，并適當進行間歇噴重水，不使土層過干，同時使粗土粒也能得到水分，保持一定的濕度，就能使快速生長的子實體得到充足水分，預防空心菇的產生。
薄皮菇的形成主要是因溫度偏高，子實體生長速度快，加上蘑菇密度大，營養供應不上所致。產生薄皮菇還與品種的特性有關。貼生型品種，大多數出菇密，容易產生薄皮菇，產量低，質量差。氣生型品種，培養料和覆土層過薄，再加上噴水少而輕，造成營養和水分供應不足，也會產生薄皮菇。覆土后調水期間由于噴水輕，噴水次數多，調水快，細土調水后菇房通風少，菇房內空氣濕度大，菌生長的部位過高，子實體結在細土表層，根基淺，也易產生薄皮菇。如對土層調水期間適當通風，使出菇部位在粗土與細土層之間，就可減少薄皮菇。適當增加培養料和土層的厚度，加強出菇期間水分，也可防止薄皮菇產生。
