黑木耳在發菌期內，有時會出現退菌現象。即當菌絲長至培養基的中部或中底部時，從料面開始菌絲逐漸變弱，甚至消失。是什么原因導致退菌呢？
原料配比不當
栽培黑木耳的原料很廣，但不同的營養搭配導致栽培效果不同。例如楊、柳、桐、椿等軟條木屑及軟質秸稈如谷草、稻草（殼）、高粱殼等占培養基成分比例過大，培養料營養不良或抑菌氣味導致勉強長下去的菌絲隨后死亡，即退菌。所以我們在栽培時盡量選擇柞、樺、榛、楠等低矮灌木及棉籽殼為主料，加軟雜本屬或較質秸稈時不要超過配方中的比例。
裝料過松
裝料過松不僅易造成袋料分離，還會導致退菌。原因是由于料間空隙大，氣生菌絲多，而氣生菌絲抗老化能力差，極易老化死亡，從而使培養基收縮、變軟，出現退菌現象。
培養料過干
培養料的含水量應在60％－65％，菌絲長勢良好，如果低于53％，菌絲抗老化能力明顯下降。菌絲纖弱，生長速度慢，且隨長隨枯縮老化，從而出現不同程度的退菌。栽培時要注意含水量不宜過小，要在悶堆后測含水量，大顆粒的原料要提前預混，避免因“假水”現象影響含水量的測定。
發菌溫度過高
秋茬耳的退菌多因養菌期內溫度過高造成。同為溫度過高，使菌絲細胞失水，菌體蛋白變性而老化死亡。我們會發現菌絲自料面向下逐漸變黃，并伴有黃水吐出，培養基變軟，此部位即使劃口也難出耳。所以養菌期內一定要注意不要超溫。隨時注意培養環境及袋內外存在的溫差，準確掌握菌絲體溫度。
通風供氧不足
黑木耳屬好氣性真菌，各個生長階段都需要氧氣，特別是在養菌的中期以后。需氧時變大。此時應加強通風供氧，否則菌絲長勢弱、分解能力差，內部積聚的能量少而易老化，進而退菌。春茬耳往往注重保溫、提溫，忽視通風供氧而造成退菌。
菌種老化
實踐證明，菌種在長好后的一個月內擴接為宜，如果苗齡超過四個月（非低溫保藏的環境下），接種后，雖然能萌發，但吃料緩慢，且往往伴有退菌。所以菌種長好后不能立即擴接時，要置于低溫、蔽光、干燥處進行保藏，保存菌絲活力，以免菌種老化造成擴接后退菌。
常用計量單位符號 1、時間：d（天）、h（小時）、min（分）、s（秒）?！?、長度：km（千米）、m（米）、cm（厘米）、mm（毫米）?！?、面積：m2（平方米）、667m2（畝）、hm2（公頃）?！?、體積：m3（立方米）、L（升）、ml（毫升）、μl（微升）?！?、質量：t（噸）、kg（公斤 千克）、g（克）、mg（毫克）、μg（微克）?！?、濃度：mg/L、mg/kg（ppm,1×10-6）。
