平菇生產進程中，因為管理辦法不到位，環境條件不適宜，常易形成畸形菇。生產中應查明畸形菇形成的起因，采取有效防治辦法。
1、球形或燒瓶形
平菇的菌柄呈球形或燒瓶形，外表不平或扭曲呈波浪狀，菌蓋不能形成，只有很小的一點或有顯著的冰凌狀條紋。這是由病毒感染所致，運用病毒K、病毒A、消菌靈噴霧或涂抹防治。
2、花椰菜形
平菇的子實體原基不斷增大，小柄強烈分杈，形成好像花椰菜的半球狀。這是因為栽培環境中二氧化碳濃渡過高、空氣濕度接近飽和所致。應加強通風，下降二氧化碳濃度和空氣濕度。
3、珊瑚形
平菇菌柄不長粗或不形成菌蓋，而又延續反復分權，結果形成珊瑚狀，色彩斑白。這是因為二氧化碳濃渡過高和光照太弱所致，應加強通風，改良光照條件。
4、豆芽菜形
平菇菌柄細長，菌蓋極小或無菌蓋。這是菌蓋形成時溫度太低、且延續時間過長所致。所以在菌蓋形成期，如遇0℃左右低溫，應設法增溫保暖。
5、粗柄平菇
菌柄粗長，呈水腫狀，菌蓋畸形、很小或無菌蓋。這是因為平菇子實體分化期遇高溫、光照偏強和二氧化碳濃渡過高，物質代謝受干擾，引起瘋長所致。應通風降溫，改良光照條件。
6、菇體皺縮干涸
平菇生長瘦弱，子實體呈黃白色或淡黃褐色，菇體從頂向下萎縮干涸。這是因為培養料缺水或空氣濕渡過低所致，應及時給培養料補水。
7、形狀不規矩
平菇的平切原基形成后，不分化形成菌柄和菌蓋，而長成不規矩菌塊，后期菌蓋扭曲開裂并浮現菌肉。這是因為敵敵畏、速滅殺丁等農藥用量過多所致，應少用或不用農藥。
