在雙孢菇生產中，由于菇房環境條件和培養料的不適以及管理措施不當，會影響菌絲和子實體的正常生長發育，進而影響產量和品質。
1．播種后菌絲不萌發、不吃料。播種后菌絲生長不良，菌種不萌發、不吃料，只在料面生長及出現萎縮現象。這是由于菇房內的溫度、通風情況及濕度不當等原因造成的。若培養料表面偏干，可及時噴過磷酸鈣或磷酸二氫鉀溶液；如料過濕則要加強菇房通風；當菇房內氣溫較高時要采取降溫措施，使其達到適宜的溫度范圍：當菇房內有氨臭味時，要及時加大通風量，在培養料面戳洞，排除氨氣。
2．覆土后菌絲體徒長。播種后營養生長過旺，絨毛狀菌絲生長致密，常冒出土面，形成一種致密的不透水、不透氣的"菌被"層。主要是由于高溫、高濕導致菌絲體徒長。防止菌絲"結被"的措施是當菌絲長出覆土層時，加強菇房內通風，降低菇房內溫度、濕度，并及時噴"結菇水"，以利原基的形成。噴水不要太急，要在早晚涼爽時噴水。一旦發現菌絲徒長，要及時用小刀或竹片挑掉菌被。
3．覆土層菌絲退化。覆土后3--5天菌絲不上土，呈灰白色，細弱，嚴重者料面見不到菌絲，甚至料面發黑，這是菌絲萎縮所致。原因是覆土后噴水過多過急，造成缺氧而使菌絲窒息萎縮。應立即停止噴水，加強通風，以利于菌絲恢復爬土。
4．薄皮菇。子實體在生長過程中，因溫度偏高，子實體生長速度快，加上出菇密度過大，營養供應不上，容易出現薄皮菇，其產量低，質量差。為避免這種現象，應在噴水期間加強通風，適當增加培養料和土層的厚度，加強出菇期間水分和溫度管理。
5．空心菇。主要是由于出菇期間水分管理不當造成的。在出菇期間，菇房溫度高，濕度過低，菇體水分蒸發快，迅速生長的子實體得不到水分補充，就會在菇柄產生白色疏松的髓部，甚至在菌柄中產生空心；有時也會因氣溫低，子實體生長緩慢，在床面因停留時間過長而形成空心菇。為防止出現空心菇，應在雙孢菇盛產期間，加強水分管理，及時噴水，并適當進行間歇噴重水，同時也要注意溫度的調控。
6．硬開傘。當氣溫變化幅度大，晝夜溫差達10℃以上，加之菇房內空氣溫度低和通風過多時，易使正在生長未成熟的子實體開傘或出現龜裂。為防止幼菇提早裂開，當外界氣溫下降時，要保持菇房溫濕度穩定，并撬松土層，斷裂土層老菌絲，促使萌發新菌絲，保持床面適當含水量。
7．銹斑菇。子實體出土后，菌蓋表面產生褐色鐵銹斑，雖未長入菌內，但降低了雙孢菇的品質。原因是噴水后未及時通風。由于空氣濕度過大，菇表面水分蒸發慢，上面出現小水滴，時間一長，形成褐色鐵銹斑點。應保持菇房空氣清新，噴水后及時通風散濕。
