食用菌采收后，鮮菇若長時間暴露在干燥的環境里，會散失水分，菇體強烈收縮、起皺，質地變干發硬；同時，因菇體的后熟作用，其生理活動并未中止，在某些氧化酶(如多酚氧化酶)的作用下，能促進菇體組織內的化學：轉化，出現呼吸作用加快，變渴、液化、失水并喪失固有的鮮味和香味；另外，附著在菇體表面的各種微生物的繁殖生長，還能引起軟腐，產生惡臭，甚至產生有毒的物質，最后導致腐敗等。
為了延長菇類保鮮時間，將鮮菇貯存在自然溫度較低、環境濕度較高的條件下，或采用人工方法進行冷藏，均可延長菇類的貨架壽命。將鮮菇用某些抗氧劑、植物激素進行處理，或降低pH值以抑制酶活性，也能適當延長保鮮時間。由于保鮮技術的不斷發展，現在還出現了冷凍保鮮、速凍保鮮、氣調保鮮和輻射處理等新的保鮮技術，能收到更好的保鮮效果。在人口比較集中的城市，各種鮮菇都是充實“菜籃子工程”的重要組成部分，掌握這些新的保鮮技術，對發展國內的鮮菇市場，提高栽培者的經濟效益，具有很重要的意義。
隨著社會的發展及科學技術的進步，食用菌加工技術日新月異，方法也千變萬化。當前主要的加工方法有干制加工(曬干、烘干、凍干、膨化干燥等)；腌漬加工(鹽漬、糟制、醬漬、糖醋、醋漬、酒漬等)；制罐加工；即食品加工；軟包裝加工；精細加工(蜜餞、糕點、米面、糖果、休閑食品等)；深度加工(飲料、浸膏、沖劑，調味品、美容化妝品等)和保健藥品加工(保健酒、膠囊、口服液、多糖提取等)等。
