害蟲既是食用菌直接侵害者，又是病原菌在侵染的重要媒介，因此，防病與除蟲要同步進行。在采取一切防患措施的基礎上，適當選用一些高效、低毒、低殘留的化學藥劑防治，可以把病蟲為害控制到最小的限度。常用的化學藥劑如下：
1.石灰 栽培蘑菇、草菇、瓶菇所用的稻草可用1％～2％的石灰水調至呈微堿性反應，又利防病很促進菌絲體的生長；采菇后也可用石灰上清液噴灑，有利產量的提高和防病。菇床培養料發現局部受木霉為害時，可用紗布包石灰粉，直接在污染處撒一薄層，可控制病害的擴展蔓延。棉塞受脈胞霉為害時，可將棉塞經火焰滅菌后，再在棉塞上撒石灰粉。段木栽培受一些大型真菌如紅栓菌等的為害時，在刮除子實體后，期刮傷面應及時用5％石灰水（或波爾水液）涂抹，防止再生。
2.硫磺 菇房進料前的消毒，可用硫磺多點煙熏，劑量微5克/立方米，點燃硫磺后密閉48小時，過1～2天后進料。
3.煤油或柴油 棉塞、膠布等處如發現有粉紅色的脈孢霉霉層時，應及時滴上適量的煤油或柴油，然后用薄膜包扎，可使霉層糜爛。
4.甲醛 菌種袋或菌種塊層局部受木霉等雜菌污染時，可用2％甲醛溶液注射或涂抹。蘑菇培養料受胡桃肉狀菌感染時，應及時將受污染的培養料及覆土挖掉，，再用2％甲醛溶液噴灑感染的床面。
5.漂白粉 菌袋局部發生木霉時，可用10％的漂白粉溶液涂抹。菇房四壁、地面、床架等使用前可用漂白粉水消毒，一般用量為0.5公斤漂白粉溶于75公斤水中。
