袋料香菇在完成滅菌接種后，后期管理也是栽培成敗的關鍵環節，接種后要進行發菌、轉色脫袋、出菇管理、采收幾個環節：
一、發菌
接種完的菌袋摞在一起，接種口兩兩對接，而且接種孔須向兩旁，不要相互擠壓，以利發菌，可摞1米高，留出人行道。袋堆上覆蓋農膜，擋光又保溫。菌絲生長階段，反季香菇棚溫保持5-15℃，用低溫培養菌絲，不宜超過20℃，否則雜菌大量發生，秋冬菇棚溫控制在20-25℃。棚內不可灑水與噴水，保持干燥，空氣相對濕度保持70%左右，避光培養，室內保持定期通風。當菌絲蔓延生長至直徑7cm左右時，要及時翻堆檢查換氣，并第一次扎孔增氧，每袋扎孔10-15孔，改為"三井字形"疊放。第二次在菌長滿時，扎20-25孔，第三次在第二次扎孔后1個月時，扎25-30孔。在翻堆扎孔時，及時挑去污染袋，隨著氣溫的升高，及時調整疏散，有利于通風，促使菌絲健壯生長。
二、轉色脫袋
40-45天菌絲長滿袋，并開始轉色，由白色轉為黃褐色，整個菌塊變為一體，轉色期10-15天。轉色適宜溫度是20-24℃，低于15℃，高于25℃，菌皮難形成，空氣相對濕度在85%左右，同時需要散射光和新鮮空氣。在轉色過程中，菌袋有吐黃水現象，要及時排放，以防爛袋，保證轉色均勻，以保出菇好，產量高。轉色階段溫度不能超過30℃，空氣相對濕度在60-80%?？刹扇〉孛鎳娝禍?，以利轉色均勻一致。在室外越夏，要搭建遮陽棚，用遮光率在90%以上的遮陽網。在越夏管理中，注意防蟲，防雜菌，若有菇蠅、蚊危害，用菇蟲凈噴霧，在地面灑生石灰，防止雜菌滋生，越夏中盡量少動菌袋和運輸。待完全轉色后脫袋出菇。
