黑木耳綠霉病
癥狀菌袋、菌種瓶、段木接種孔周圍及子實體受綠霉菌感染后，初期在培養料段木或子實體上長白色纖細的菌絲，幾天之后，便可形成分生孢子，一旦分生孢子大量形成或成熟后，菌落變為綠色，粉狀。
防治①保持耳場，耳房及其周圍環境的清潔衛生。②耳房、耳場必須通風良好，排水便利。③出耳后每三天噴1次1%石灰水，有良好的防霉作用。④若綠霉菌發生在培養料的表面，尚未深入料內時，用PH10的石灰水擦洗患處，可控制綠霉菌的生長。
爛耳（又名流耳）
癥狀耳片成熟后，耳片變軟，耳片甚至耳根自溶腐爛。
防治①針對爛耳的原因加強栽培管理，注意通風換氣，光照等。②及時采收，耳片接近成熟或已經成熟立即采收。③可用25mg/kg的金霉素或土霉素溶液噴霧，防止流耳。
耳菌塊防霉菌
產生原因木耳菌塊霉菌污染是導致木耳菌塊減產，影響產品質量的一個重要原因，青霉、木霉是木耳菌塊上最常見的雜菌。
防霉措施①選用抗霉能力較強的菌株。②選用新鮮原材料越夏。③在培養料中增添抗霉劑，目前認為比較有效的方法是用0.1%高錳酸鉀水溶液，或用石灰清水拌料，后者還能防治培養料偏酸。④用已經滿瓶的菌種壓塊，挖瓶。壓塊用具和薄膜都要用0.1%高錳酸鉀溶液消毒。壓塊后1周時間內，菌絲尚未完全恢復，若有霉菌出現，可用飽和石灰水清液涂抹患處。⑤保護環境清潔出菇期間，在采收第1批木耳后，每3～5天在地面噴1次1%石灰水，或1%～2%煤酚皂溶液，或0.1%多菌靈，可交叉使用，以控制雜菌生長。⑥室內發菌，室外出耳，被認為是木耳菌塊栽培的一項有效的防霉措施。⑦加強水分管理，要根據菌塊水分散失情況和空氣流量。
