蘑菇是由菌絲體和子實體兩部分組成，菌絲體是營養器官，子實體是繁殖器官。蘑菇具有多達36000種性別，由成熟的孢子萌發成菌絲。菌絲為多細胞，有橫隔，借頂端生長而伸長，白色、細長，綿毛狀，逐漸成絲狀。菌絲互相綴合形成密集的群體，稱為菌絲體。
冬季有機蘑菇房通風較少，如果通氣不好，易使菌絲萎縮。
噴水時，可以結合追肥，濃度20%左右。追有機肥需注意的是，追施的糞水最好澆沸，并用紗布過濾，濃度在20%左右。不能把未經過濾的糞渣施到床面上。
不過，無論是松動粗土，還是松動粗、細土，都不能將大量的白色菌絲剝離，特別是粗土周圍包裹的菌絲更要注意。否則，有機蘑菇的菌絲剝落過多，會大大影響春有機蘑菇的產量。
在清除菇床老根和死菇時，要重新把粗、細土鋪平、鋪好。在最后一次松土后約一個多星期，當有機蘑菇的菌絲已經萌發時，要在菇床上覆蓋一層新的細土，厚2-3厘米。覆土之前，需噴水結合追有機肥兩三次，使粗土得到水分和養分，以促進菌絲的萌發和生長。
