1.新菇棚的消毒處理棚內可使用百病去無蹤、辛硫磷等藥物，一般用量為1袋百病去無蹤配50克辛硫磷，噴30平方米左右，用藥目標為地面、墻體以及立柱等，要求地毯式噴灑，然后密封菇棚，卷起草苫曬棚，密封2天后即可進袋發菌或出菇;發菌和出菇期間的預防用藥，可每5天左右噴灑一次蘑菇殺病靈或百病去無蹤，但注意不要直噴子實體。
2.舊菇棚的消毒處理連續使用多年的菇棚，棚內不可避免地存有相當數量的雜菌和病原菌孢子以及害蟲，因此，徹底進行消毒處理非常必要。一般可按1袋百病去無蹤配40克辛硫磷藥物，地毯式噴灑20平方米左右，然后密封菇棚，卷起草苫曬棚，密封2天后，再次用藥并繼續密閉曬棚，2～7天后，方可進袋發菌。
